针对您提出的“医院使用违规仪器怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及政策给出的详细解答：

首先，需要明确的是，医院若未经许可擅自配置使用大型医用设备，将面临一系列的行政处罚。这些处罚措施主要由县级以上人民政府卫生主管部门负责执行，具体依据《医疗器械监督管理条例》等相关法规。

处罚措施主要包括：

1. 责令停止使用：卫生主管部门会要求医院立即停止使用违规配置的大型医用设备，以防止问题进一步扩大。

2. 给予警告：对违规医院进行书面警告，明确指出其违规行为，并要求其立即整改。

3. 没收违法所得：若医院通过违规配置使用大型医用设备获得了违法所得，这些所得将被依法没收。

4. 罚款：

   • 若违法所得不足1万元，医院将被处以5万元以上10万元以下的罚款（根据部分信息，也有处以1万元以上5万元以下罚款的情况，具体罚款数额可能因地区或具体法规而异）。
   • 若违法所得1万元以上，医院将被处以违法所得10倍以上30倍以下（或5倍以上10倍以下，具体倍数可能因地区或具体法规而异）的罚款。

5. 情节严重的处罚：

   • 若违规行为情节严重，相关责任人及单位在5年内将不被受理大型医用设备配置许可申请。
   • 对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，将没收其在违法行为发生期间自本单位所获的收入，并处所获收入30%以上3倍以下的罚款，同时依法给予处分。

处罚流程：

1. 立案：卫生主管部门在发现违法行为后，会及时进行审查并决定是否立案。

2. 调查：调查过程中，执法人员会出示执法证件，保守相关秘密，并听取当事人的陈述和申辩，制作调查笔录。

3. 审查：对案件的违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。

4. 告知：在作出行政处罚决定前，会送达《行政处罚告知书》，告知当事人处罚决定的事实、理由、依据及其享有的陈述、申辩权。对于处较大数额罚款或吊销执业证书的情况，还会告知当事人要求听证的权利。

5. 决定与送达：制作行政处罚决定书，并载明违法事实、证据、处罚依据和种类、履行行政处罚的期限和方式、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等内容，然后按照法定程序送达当事人。

6. 执行：依照生效的行政处罚决定执行，若当事人逾期不履行罚款决定，可加处罚款或申请法院强制执行。

综上所述，医院使用违规仪器将面临严厉的行政处罚，包括责令停止使用、给予警告、没收违法所得、罚款以及情节严重的额外处罚。因此，医院应严格遵守相关法律法规，确保医疗设备的合法配置和使用。