在仅有收货确认书而无留存发货记录的情况下发生合同纠纷，法院的判决结果需结合具体案情综合判定，无法一概而论，但通常可能呈现以下两种裁判方向：

1. 若收货确认书能直接证明合同履行事实，法院可能支持履行方主张
   根据《民法典》第490条，当事人采用书面形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立；法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同，当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
   若收货确认书明确记载了货物名称、数量、规格等关键信息，且对方签字确认，法院可能认定该证据足以证明卖方已履行交货义务。例如，在买卖合同纠纷中，若买方在收货单上注明“货物已验收，数量无误”，即使卖方无法提供物流单据，法院仍可能支持卖方要求支付货款的请求。

2. 若对方提出合理抗辩且无其他证据补强，法院可能驳回履行方主张
   根据《民事诉讼法》第67条，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。若买方抗辩称收货确认书系被胁迫签署，或主张货物存在质量问题而拒绝付款，且卖方无法提供发货记录、运输单据等证据佐证交货事实，法院可能因证据不足驳回卖方诉求。
   例如，在设备采购合同中，若买方仅在收货单上签字但未注明验收情况，后主张设备存在故障，而卖方无法提供调试记录或验收报告，法院可能要求卖方承担举证不能的不利后果。

实务建议：

• 诉讼前尽可能收集间接证据形成证据链，如与对方的沟通记录（微信、邮件）、付款凭证、第三方见证人证言等；
  
• 申请法院责令对方提供反证，例如要求买方说明未付款原因或提供货物存在问题的检测报告；
  
• 若涉及大额交易，建议同步主张违约金或利息损失，以最大限度维护权益。
  

核心逻辑：法院裁判遵循“高度盖然性”标准，单一证据的证明力需结合全案证据综合判断。建议当事人遇到此类纠纷时，携带全部证据材料当面咨询，以便制定针对性诉讼策略。