三方协议通常应加盖用人单位公章、学校就业指导中心章，并在毕业生签字后生效，特定情况下用人单位上级主管部门章也可能需要加盖，一般不能盖劳动合同章或合同章。以下是对这一问题的详细分析：
一、三方协议应加盖的印章
用人单位公章：
- 这是三方协议中最关键的印章，代表着用人单位对协议条款的全面认可，并承诺按照约定接收毕业生入职，同时承担相应的责任和义务。例如，企业在协议上加盖公章，即表示企业同意按协议规定的岗位、薪酬等条件接纳毕业生。
学校就业指导中心章：
- 学校通过盖章表明已知晓并同意毕业生与用人单位的就业意向，同时承担管理和服务职责，如办理就业派遣手续等。这一章确认了该就业协议符合学校的就业管理规定和相关政策要求。
毕业生签字：
- 毕业生本人需在协议上签字，以表明其同意协议内容，并承诺遵守相关约定。这是协议生效的必要条件之一。
用人单位上级主管部门章（特定情况下需要）：
- 主要适用于国有企业、事业单位、机关单位等具有上级主管部门的组织。上级主管部门盖章起到审批和监督作用，确保招聘行为符合单位整体规划和政策要求。例如，大型国有企业的下属二级单位在招聘毕业生时，除自身盖章外，可能还需集团公司的人事主管部门盖章确认。
二、三方协议不能加盖的印章
劳动合同章：
- 劳动合同章是用于签订劳动合同的章，而三方协议与劳动合同在性质、场景和规范上存在差异。三方协议应加盖学校就业章、用人单位公章等相应印章，以体现三方的共同认可和承诺。若加盖劳动合同章，可能会被认为不符合协议的盖章要求，导致协议的效力存在瑕疵，引发后续一系列潜在风险和争议。
合同章：
- 从法律角度，合同章主要用于签订具体合同，其代表合同双方达成的合意。而三方协议有其特定的格式和签署要求，签字能更直接体现签署方的真实意思表示。若使用合同章，可能存在表意不清晰等问题，导致协议效力产生争议。不过，若学校或用人单位同意且未明确禁止使用合同章，在确保盖章行为真实、各方对协议内容无异议且能证明盖章方有订立协议意愿的情况下，也可使用合同章，但这种情况相对少见。
三、签订三方协议的注意事项
- 确保所有相关方都已盖章或签字确认：以保障协议的合法性和有效性。
- 仔细阅读协议条款：确保自身权益得到充分保障。
- 如遇疑问或不确定之处：建议查阅相关法律法规或咨询专业律师（即我本人），以避免潜在的法律风险。
举例说明：假设某毕业生与一家国有企业签订了三方协议，协议上应加盖该企业的公章、学校就业指导中心的章，并由毕业生本人签字。如果该企业是下属二级单位，可能还需要集团公司的人事主管部门盖章确认。而协议上不能加盖劳动合同章或合同章，否则可能会影响协议的效力。
法律后果提示：如果三方协议上加盖了不符合要求的印章，可能会导致协议效力存在瑕疵，引发后续一系列潜在风险和争议。例如，在档案接收、报到等环节可能引发混乱，影响毕业生后续的就业流程和权益保障。
建议：在签订三方协议时，务必确保加盖的印章符合要求，并仔细阅读协议条款。如果有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。