当双方签订的协议被认定为失效时，处理这一问题需要遵循一定的法律原则和步骤，以确保各方的合法权益得到妥善保护。以下是我为您详细梳理的处理流程：
一、审查协议失效的依据
首先，您需要明确协议失效的具体原因。根据《民法典》等相关法律法规，协议可能因主体不适格、意思表示不真实、违反法律法规强制性规定、违背公序良俗等情形而失效。双方应仔细审查协议内容，确认是否存在这些法定事由，从而为后续处理提供依据。
二、根据失效情况处理财产和赔偿
返还财产：协议失效后，因该协议取得的财产应当予以返还。如果财产无法返还或者没有必要返还，应当按照市场价值进行折价补偿。
过错赔偿：如果协议失效是由于一方的过错导致的，那么有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。如果双方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。例如，如果一方故意隐瞒重要事实导致协议失效，给对方带来了损失，那么这一方就应当承担赔偿责任。
三、处理与协议相关的附属事项
协议失效后，除了财产返还和过错赔偿外，还可能涉及到一些附属事项的处理，如：
已经履行部分的善后：如果协议已经部分履行，那么双方需要协商如何处理已经履行的部分，以避免产生新的纠纷。
与协议相关的第三方权益保障：如果协议失效影响到与协议相关的第三方的权益，那么双方需要协商如何保障这些第三方的合法权益。
四、通过法律途径解决争议
如果双方就协议失效及后续处理无法达成一致，那么可以通过法律途径解决争议。任何一方都可以向人民法院提起诉讼，由法院依据事实和法律作出裁决。在诉讼过程中，当事人需要提供充分的证据来证明自己的主张，如签署的原始协议文本、实现协议约定的相关凭证、因对方违约造成实际损失的证明文件等。
五、注意事项
及时沟通：在协议失效后，双方应及时沟通，明确各自的责任和义务，以避免产生不必要的纠纷。
保留证据：双方应妥善保管与协议相关的所有证据，以便在需要时提供证明。
遵守法律程序：在处理协议失效问题时，双方应遵守法律程序，不得采取非法手段来维护自己的权益。
综上所述，当双方签订的协议失效时，应首先审查失效依据，然后根据具体情况处理财产和赔偿问题，同时处理好与协议相关的附属事项。如果双方无法达成一致，可以通过法律途径解决争议。希望这些建议能对您有所帮助。