在探讨综合工时制的加班费计算及其法律依据时，我们首先要明确的是，综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但要求平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。现在，我将详细解答您的问题。

一、综合工时制加班费的计算方式

1. 平时加班： 在综合工时制下，如果职工在平时（非周末、非法定节假日）的工作时间超过了该周期内的平均标准工作时间，那么超出部分应视为延长工作时间，加班费按照不低于本人小时工资标准的150%支付。

2. 周末加班： 虽然综合工时制下通常不存在单独的“周末加班”概念，因为工作时间已整体调配，但如果企业安排职工在原本应休息的时段（如周末）工作且不能安排补休的，那么应依法支付加班费，标准参照《劳动法》的规定，即不低于工资的200%。不过，在多数实行综合工时制的岗位中，周末工作可能已被纳入综合计算周期内，此时主要关注的是总工作时间是否超标。

3. 法定节假日加班： 无论是否处于综合计算周期内，职工在法定节假日工作的，都应按照不低于本人日或小时工资标准的300%支付加班费。这是法律对职工在特殊日期工作的特别补偿。

二、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》：

   • 第三十九条：企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，包括综合计算工时工作制。
   • 第四十四条：明确了加班费的支付标准，即延时加班支付不低于工资的150%，休息日加班且不能补休的支付不低于工资的200%，法定节假日加班支付不低于工资的300%。

2. 《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）：

   • 第五条：规定了符合特定条件的职工可实行综合计算工时工作制，周期可为周、月、季、年等，但其平均工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

3. 《工资支付暂行规定》（劳部发〔1994〕489号）：

   • 第十三条：指出经批准实行综合计算工时工作制的，超过法定标准工作时间的部分视为延长工作时间，应按规定支付加班费。

三、总结与建议

在实行综合工时制的企业中，职工加班加点的计算需严格遵循上述法律法规的规定。企业应合理安排工作与休息时间，确保职工的总工作时间不超过法定标准，并在必要时依法支付加班费。如果职工对加班费的计算有疑问或争议，建议及时与企业沟通或咨询专业律师、当地劳动行政部门，以确保自身权益得到保障。

希望以上解答能够清晰、详细地解答您的问题。如有任何进一步疑问，请随时提问。