电动车撞上了违章的车子，驾驶员是否会扣分，主要取决于电动车的性质以及驾驶员在事故中的具体行为和责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、电动车性质判定
非机动车：
- 如果电动车被认定为非机动车（如符合新国标的电动自行车，具有脚踏骑行能力，最高设计车速不超过25公里/小时，整车质量不超过55公斤等特征），则驾驶员不需要驾驶证，因此发生碰撞事故时不会直接扣驾驶证分。但驾驶员仍需接受相应的警告或罚款处罚，以处理其可能存在的交通违法行为。
机动车：
- 如果电动车被认定为机动车（如电动摩托车、电动三轮车等），则驾驶员需要持有相应准驾车型的驾驶证。在这种情况下，如果驾驶员存在交通违法行为，如闯红灯、超速等，且这些行为与事故有直接关联，交警会按照机动车违法的相关规定进行处理，可能会对驾驶证进行记分等处罚。
二、驾驶员行为与责任
无违法行为：
- 如果电动车驾驶员在整个事故过程中严格遵守交通规则，没有违反任何交通法律法规，那么即使发生了与违章车辆的碰撞事故，电动车驾驶员也不会被扣分。此时，若事故责任完全在违章车辆一方，电动车驾驶员虽无需承担交通违法的责任，但仍需根据具体情况可能需要承担一定的民事赔偿责任。
存在违法行为：
- 若电动车驾驶员在事故中有交通违法行为，则会按照相关法律法规进行扣分处理。具体的扣分情况会根据违法行为的严重程度而定，如闯红灯可能记6分，超速行驶根据超速比例不同扣分情况也不同等。
三、特殊情况分析
持汽车驾驶证驾驶机动车类型电动车：
- 如果电动车驾驶员持有的是汽车驾驶证而非摩托车驾驶证，且驾驶了被视为机动车的电动车并发生违章行为，可能会因为“驾驶与准驾车型不符的机动车”而被扣除汽车驾驶证的分数。
无驾照驾驶电动车：
- 无论是新国标还是非新国标电动车，无驾照驾驶都属于违法行为。驾驶员将面临罚款和扣留车辆的处罚，但不会直接扣除汽车驾驶证的分数（如果驾驶员本身没有汽车驾驶证的话）。不过，如果无证驾驶行为导致了严重的交通事故，驾驶员可能会面临更严厉的法律后果。
四、建议与总结
- 严格遵守交通规则：电动车驾驶员在行驶过程中应严格遵守交通规则，确保自身和他人的安全。这不仅可以避免交通事故的发生，还可以减少因交通违法行为而导致的扣分和罚款等法律后果。
- 了解电动车性质：在购买和使用电动车时，应了解其性质是否属于机动车或非机动车，并据此办理相应的驾驶证和行驶证等手续。
- 及时处理事故：一旦发生交通事故，应立即停车、报警并协助处理。交警会准确划分责任并妥善处理后续事宜，包括可能的扣分和罚款等处罚。
总之，电动车撞上违章车辆后驾驶员是否会扣分，需要根据电动车的性质、驾驶员的驾驶证情况、事故责任及违法行为等多种因素综合判断。因此，建议电动车驾驶员在行驶过程中严格遵守交通规则，确保行车安全。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。