当法院取保候审的三个月期限到期时，处理流程需严格遵循法律规定，以下为您详细阐述：
一、执行机关的通知义务
在取保候审期限届满前的合理时间内（通常为十五个工作日内，但具体可能因地区或案件性质有所差异，七个工作日也是常见要求），执行机关（一般为公安机关）应以书面形式通知决定机关，即最初作出取保候审决定的公安机关、人民检察院或人民法院。这一步骤是确保决定机关能够及时对案件进行审查，并作出相应决定。
二、决定机关的审查与决定
决定机关在收到执行机关的通知后，将对案件进行全面审查。审查内容主要包括案件进展情况、被取保候审人在取保期间的表现等。根据审查结果，决定机关将作出以下两种决定之一：
解除取保候审：如果案件侦查完毕，检察院不起诉或法院判无罪、免刑责，或者案件虽未结束但被取保候审人符合解除取保候审的条件（如未违反取保候审规定，未实施新的犯罪等），决定机关将发出《解除取保候审决定书》。
变更强制措施：如果案件仍处于侦查、审查起诉或审判阶段，且被取保候审人可能实施新的犯罪、干扰证人作证、毁灭证据等，或者认为其符合逮捕条件的，决定机关将变更强制措施，如采取逮捕等更严厉的措施。
三、执行机关的执行与反馈
执行机关在收到决定机关的《解除取保候审决定书》或变更强制措施的通知后，应立即执行，并将执行情况及时反馈给决定机关。这一步骤是确保决定机关能够及时了解执行情况，并对案件进行进一步处理。
四、保证金的退还
如果被取保候审人在取保期间遵守了法律规定，未违反相关规定，也未故意重新犯罪，那么县级以上执行机关将制作《退还保证金决定书》，并通知银行退还保证金给被取保候审人。同时，执行机关还会书面通知被取保候审人前往银行领取退还的保证金，并正式宣布解除取保候审的决定。
五、被取保候审人的配合与异议
被取保候审人在接到解除通知后，应积极配合执行机关的工作，如按时前往指定地点办理手续、领取退还的保证金等。如果被取保候审人对解除决定有异议，可以通过合法途径提出申诉或复议，以维护自己的合法权益。
六、后续关注与维权
在取保候审结束后，您应该尽快与办案机关取得联系，以获取有关案件进展及对您未来处理方案的详细信息。如果未能得到明确回复，您有权依法向其进行询问，并维护自己的合法权益。
概括起来，当法院取保候审的三个月期限到期时，您应关注执行机关的通知，配合决定机关的审查与决定，了解保证金的退还情况，并在必要时维护自己的合法权益。