针对您提出的“使用店内码未备案的处罚依据”这一问题，我将结合相关法规和实际案例，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，商品条码的编制和备案是遵循国家标准的，这是为了确保商品信息的准确性和可追溯性。当系统成员（如商家）未按照有关国家标准编制商品条码，或者未办理备案手续时，就会面临相应的行政处罚。
处罚依据：
地方性法规：以《内蒙古自治区商品条码管理办法》为例，该办法第十六条明确规定，系统成员应当按照有关国家标准编制商品条码，并自编制之日起三十日内到物品编码机构办理备案手续。若违反此规定，第三十三条指出，将由旗县级以上质量技术监督行政管理部门责令改正，并处以1000元以下罚款。
国家层面法规：虽然直接的国家层面法规可能并未明确提及“店内码未备案”的具体处罚，但《商品条码管理办法》等相关法规中，对于未经核准注册、备案或者伪造的商品条码的使用，也有明确的处罚规定。例如，经销的商品印有未经核准注册、备案或者伪造的商品条码的，将被责令改正，并处以罚款（具体金额可能因地区和法规版本而异，有的地方规定为10000元以下）。
实际案例：
在实际执法中，市场监督管理部门会根据商家的违法行为、配合调查的态度以及改正情况等因素，综合决定处罚的种类和幅度。例如，在锡林浩特市市场监督管理局的一个处罚案例中，某企业因使用了错误的商品条码（可能包括未备案的情况），被责令改正，并处以了1000元的罚款。该企业在执法过程中积极配合调查，主动提供证据材料，主动停止违法行为并及时改正，因此被从轻行政处罚。
总结与建议：
遵守法规：商家应严格按照国家相关标准编制商品条码，并及时办理备案手续，以避免不必要的法律风险和罚款。
积极配合：若不幸面临执法部门的调查，商家应积极配合，如实陈述违法事实并主动提供证据材料，以争取从轻或减轻行政处罚。
及时改正：一旦发现存在违法行为，商家应立即停止并改正，以减少对消费者和市场秩序的影响。
综上所述，使用店内码未备案的处罚依据主要来源于地方性法规和国家层面法规的相关规定，具体处罚种类和幅度可能因地区和法规版本而异。商家应严格遵守相关法规，确保商品条码的准确性和合法性。