结论：夫妻合伙公司中，能否清查对方财产需分情况讨论，具体取决于公司性质、财产性质及法律程序。以下是详细分析：
1. 若公司为有限责任公司或股份有限公司
- 公司财产独立性原则：根据《公司法》，公司财产与股东个人财产严格分离。即使夫妻均为股东，任何一方无权直接清查对方名下的公司财产或个人财产，除非通过法定程序。
- 合法清查途径：
- 股东知情权：作为股东，可依据《公司法》第33条，要求查阅公司会计账簿、财务报告等，但需书面提出并说明目的。若公司拒绝，可向法院起诉要求行使知情权。
- 离婚财产分割：若夫妻关系破裂，在离婚诉讼中，可申请法院调查对方名下的公司股权、分红等财产，但需提供初步证据证明财产存在且可能被隐藏。
2. 若公司为合伙企业（普通合伙或有限合伙）
- 合伙人财产透明度：根据《合伙企业法》，合伙人对合伙企业财产享有共同管理和监督权。夫妻作为合伙人，可通过合伙协议或合伙人会议要求查阅财务账目，但需符合协议约定或法定程序。
- 个人财产保护：若涉及一方个人财产与合伙企业财产混同，另一方可通过诉讼要求分割混同部分，但需证明财产混同的事实。
3. 若以个人财产出资但未分割
- 婚前财产或婚后约定财产：若一方以婚前个人财产或婚后约定归个人所有的财产出资，该部分财产原则上归出资方所有，另一方无权清查。但若出资财产在婚后产生收益（如分红），可能被认定为共同财产。
- 举证责任：主张财产为个人所有的一方，需提供充分证据（如出资协议、财产来源证明等），否则可能被推定为共同财产。
4. 非法清查的法律后果
- 侵犯隐私或商业秘密：若通过非法手段（如窃取账目、跟踪等）清查对方财产，可能构成侵犯隐私权或商业秘密，需承担民事赔偿甚至刑事责任。
- 程序合法性：任何清查行为必须通过法律途径（如诉讼、申请法院调查令等），否则可能被认定为无效。
建议
- 完善公司治理：若夫妻共同经营公司，建议通过公司章程或合伙协议明确财产管理、查阅权限等条款，避免后续纠纷。
- 保留证据：日常经营中注意保留出资凭证、财务记录等，以备不时之需。
- 法律程序优先：若需清查对方财产，务必通过法院或仲裁机构进行，避免自行采取行动。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供详细解答。