针对您提出的“有重大疾病的检察院怎么处理”这一问题，我会结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。

首先，需要明确的是，对于患有重大疾病的犯罪嫌疑人或罪犯，检察院的处理方式并非一概而论，而是会根据具体情况进行综合评估。这主要包括犯罪嫌疑人的病情严重程度、社会危险性、案件性质以及法律规定等因素。

一、病情严重程度与保外就医

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，对于被判处有期徒刑或拘役的罪犯，如果患有严重疾病需要保外就医的，可以暂予监外执行。但这里有一个重要前提，即罪犯的病情必须符合《保外就医严重疾病范围》，并且由省级人民政府指定的医院进行诊断并开具证明文件。

二、社会危险性评估

除了病情严重程度外，检察院还会对犯罪嫌疑人的社会危险性进行评估。如果犯罪嫌疑人具有较高的人身危险性，如存在报复社会、威胁证人等行为，即使其病情符合保外就医的条件，也可能不被批准暂予监外执行。这是因为，社会危险性是评估犯罪嫌疑人是否适合暂予监外执行的重要考量因素。

三、案件性质与法律规定

对于某些特定类型的犯罪，如职务犯罪、破坏金融管理秩序和金融诈骗犯罪、组织（领导、参加、包庇、纵容）黑社会性质组织犯罪等，即使罪犯患有严重疾病，检察院在审批保外就医时也会从严把握。此外，对于累犯以及故意杀人、强奸、抢劫等暴力性犯罪的罪犯，原被判处死刑缓期二年执行或者无期徒刑的，在减为有期徒刑后执行有期徒刑七年以上方可适用暂予监外执行；原被判处十年以上有期徒刑的，应当执行原判刑期三分之一以上方可适用暂予监外执行。

四、实际案例参考

以曹某某案为例，曹某某因故意伤害罪被判处有期徒刑一年，后以其患有脑梗死、糖尿病、高血压等多重疾病向法院申请暂予监外执行。虽然曹某某的病情符合《保外就医严重疾病范围》，但检察机关在审查过程中发现其具有较高的人身危险性，有引发新的冲突和矛盾的风险。因此，检察机关向法院反馈了不批准暂予监外执行的监督审查意见，最终法院采纳了检察机关的建议，对曹某某作出了不予暂予监外执行的决定。

五、检察院的具体处理流程

在审查起诉期间，如果犯罪嫌疑人患有严重疾病，检察院会依法开展审查、调查工作。这包括对犯罪嫌疑人的病情进行诊断评估、对其社会危险性进行调查评估等。根据评估结果，检察院会依法作出是否批准暂予监外执行的决定。如果决定不批准暂予监外执行，检察院会向法院反馈监督审查意见，并由法院作出最终决定。

综上所述，对于患有重大疾病的犯罪嫌疑人或罪犯，检察院的处理方式会根据具体情况进行综合评估。这既考虑了犯罪嫌疑人的病情严重程度，也考虑了其社会危险性、案件性质以及法律规定等因素。因此，无法简单地给出一个统一的答案，而是需要根据每个案件的具体情况进行具体分析。