针对客运车辆恶意降低票价的行为，可依据不同主体和情形采取以下处理方式：

1. 乘客角度：保留证据并投诉
   若发现客运车辆通过恶意降价（如低于成本价运营）扰乱市场秩序，乘客可向当地交通运输管理部门（如运管局、交通局）投诉。投诉时需提供具体证据，例如车票、支付记录、车辆线路信息等。管理部门有权对违规企业进行处罚，包括罚款、责令整改或吊销运营资质。

2. 同行企业角度：通过法律途径维权
   若其他客运企业认为某公司恶意降价构成不正当竞争，可依据《反不正当竞争法》向市场监管部门举报，或直接向法院提起民事诉讼。需证明对方行为具有“排挤竞争对手”的主观故意，且实际造成了市场秩序混乱或自身经济损失。法院可能判决对方停止侵权行为并赔偿损失。

3. 监管部门角度：主动查处违规行为
   交通运输主管部门需定期巡查客运市场，对涉嫌恶意降价的车辆进行核查。若查实存在低于成本价运营、未按规定备案票价等违规行为，可依据《道路运输条例》或地方性法规，对涉事企业处以罚款、停业整顿等处罚。同时，监管部门应建立票价监测机制，防止恶性竞争。

4. 法律风险提示
   恶意降价可能涉及多重违法：

   • 违反《价格法》中“经营者不得相互串通，操纵市场价格”的规定；
     
   • 触犯《反不正当竞争法》中“低于成本销售商品”的禁止性条款；
     
   • 若伴随虚假宣传（如谎称“政府补贴”），还可能构成欺诈。
     涉事企业可能面临行政处罚与民事赔偿的双重责任。

建议：若您是乘客、企业或监管人员，需根据自身角色选择对应处理方式。如有具体案例或证据，可直接向我提供细节，我将进一步分析法律适用与维权策略。