针对您提出的“五座客车超员两人该怎么处罚”的问题，以下是根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规给出的详细解答：
一、超载行为确认
五座客车，顾名思义，其核定载客人数为5人。若该车实际载客7人，即超员两人，这已明确构成了超载行为，因为超过了车辆原定的载客人数限制。
二、具体处罚措施
罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将处以200元以上500元以下的罚款。对于五座客车超员两人的情况，通常将按照此标准进行罚款。
- 若超载行为更为严重，如超过额定乘员20%或违反规定载货，则可能面临更高额度的罚款，即500元以上2000元以下。但在此案例中，超员两人并未达到超过额定乘员20%的标准（五座车超员两人为40%，但法律条文中“超过额定乘员20%”通常指的是一个更宽泛的区间，且此处我们主要依据超员人数而非比例来判定罚款范围，实际执法中可能结合具体情况），因此主要适用200元以上500元以下的罚款。
驾驶证记分：
- 依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车以外的其他载客汽车载人超过核定人数20%以上未达到50%的，一次记3分。五座车超员两人，即超过核定人数的40%，属于此范围，因此将被记3分。
车辆扣留：
- 在某些情况下，如超载情节较为严重或拒不改正，公安机关交通管理部门可能会扣留机动车，直至违法状态消除。但这一措施并非针对所有超载行为都必然实施，而是根据具体情况由交通管理部门决定。
三、实际执法差异与建议
- 实际执法过程中，各地可能会根据具体情况在上述法律规定的框架内有所调整。例如，某些地区可能对于轻微超载行为采取更为宽容的处理方式，但这并不意味着超载行为是被允许的。
- 我们强烈建议驾驶员严格遵守交通法规，按照车辆核定载客人数乘车，切勿超载行驶。超载不仅会对车辆造成损害，增加行车风险，还可能对驾驶员和乘客的生命安全构成严重威胁。
- 同时，我们也提醒乘客要增强安全意识，拒绝乘坐超载车辆。共同维护道路交通秩序和安全是每个人的责任。
综上所述，五座客车超员两人将面临罚款、驾驶证记分等处罚措施。为了自身和他人的安全，请严格遵守交通法规，切勿超载行驶。