针对您提出的“非法运营载客车辆撞死两人怎么处罚”的问题，我将从刑事责任、民事责任以及行政处罚三个方面为您详细解答。

一、刑事责任

非法运营载客车辆若因违反交通运输管理法规，进而引发重大车祸导致两人死亡，肇事者很可能构成交通肇事罪。根据《刑法》第一百三十三条的规定：

• 违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；
• 交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；
• 因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。

在此情况下，由于造成了两人死亡的严重后果，肇事者将面临较为严厉的刑事处罚，具体量刑将根据事故的具体情况、肇事者的过错程度以及是否存在逃逸等恶劣情节来综合判定。

二、民事责任

除了刑事责任外，肇事者还需承担民事赔偿责任。这包括但不限于：

• 丧葬费：按照当地上一年度职工月平均工资标准，以六个月总额计算；
• 死亡赔偿金：按照当地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，按二十年计算（但六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年；七十五周岁以上的，按五年计算）；
• 被扶养人生活费：如果死者有需要扶养的亲属，肇事者还需支付被扶养人生活费。

赔偿的顺序是先由承保机动车第三者责任强制保险的保险公司按照相关限额进行赔付，不足部分则由有过失方（即肇事者）承担赔偿责任。若双方均存在过错，则根据各自的过失程度及比例来分担相应的赔偿数额。

三、行政处罚

非法运营载客车辆本身就违反了交通运输管理法规。根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条的规定：

• 未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；
• 有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；
• 没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；
• 构成犯罪的，依法追究刑事责任。

在此案例中，由于非法运营载客车辆已经造成了两人死亡的严重后果，因此除了上述的刑事责任和民事责任外，肇事者还将面临更为严厉的行政处罚。

综上所述，非法运营载客车辆撞死两人将面临严重的法律后果，包括刑事责任、民事责任以及行政处罚。因此，我强烈建议所有从事道路运输经营的人员必须严格遵守相关法律法规，确保行车安全，以维护自己和他人的生命财产安全。