执行阶段发出二次拘留证在程序上是否合法，需结合具体情况判断，但通常若符合法定条件且程序合规，则是合法的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 拘留证的法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，在执行阶段，若被执行人存在妨碍执行、拒不履行生效法律文书等行为，法院有权对其采取司法拘留措施。拘留证的发出需满足以下条件：

• 存在妨碍执行的行为：如被执行人隐藏、转移、变卖、毁损已被查封、扣押的财产，或者以暴力、威胁或其他方法阻碍司法工作人员执行职务等。
• 程序合规：法院在决定拘留前，应进行必要的调查取证，确保拘留决定的合法性。同时，应向被执行人送达拘留决定书，并告知其申请复议的权利。

2. 二次发出拘留证的合法性分析

• 若基于不同违法行为：若被执行人在首次拘留后，又实施了新的妨碍执行行为，法院有权根据新的事实和证据，再次发出拘留证。这种情况下，二次拘留是合法的。
• 若基于同一违法行为：若法院首次拘留后，发现对同一违法行为的处罚存在遗漏或错误，需要补充或更正，理论上应通过撤销原拘留决定并重新作出决定的方式处理，而非直接发出二次拘留证。但实践中，若法院在首次拘留时未充分查明事实，后续补充查明后认为需要更严厉的处罚，且符合法定程序，也可能被视为合法。不过，这种情况较为特殊，需严格审查程序合规性。
• 程序瑕疵或违法：若法院在发出二次拘留证时，未遵循法定程序，如未进行必要的调查取证、未送达拘留决定书或未告知复议权利等，则二次拘留可能因程序违法而被撤销。

3. 法律建议与风险提示

• 对被执行人：若认为二次拘留决定违法，应及时向法院提出复议申请，或依法向上级法院申诉。同时，应积极配合法院执行工作，履行生效法律文书确定的义务，以避免进一步的法律后果。
• 对执行法院：应严格遵循法定程序发出拘留证，确保决定的合法性和正当性。在决定二次拘留前，应充分审查事实和证据，避免程序瑕疵或违法。

4. 实际案例参考

在实践中，存在因被执行人多次妨碍执行而被法院多次拘留的案例。这些案例中，法院通常会在每次拘留前进行充分的调查取证，并确保程序合规。因此，在符合法定条件且程序合规的情况下，执行阶段发出二次拘留证是合法的。

总结：执行阶段发出二次拘留证是否合法，需结合具体事实和程序进行判断。若被执行人存在新的妨碍执行行为，且法院程序合规，则二次拘留是合法的。若存在程序瑕疵或违法，则可能被撤销。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。