总公司在投标时不能直接使用分公司的软件著作权（软著）得分。以下是对此问题的详细分析：

一. 分公司的法律地位与软著权属

1. 分公司的法律地位：根据《中华人民共和国公司法》第十四条，“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。” 这意味着分公司是总公司的附属机构，不具有独立的法人资格，其所有资产、权益和负债均归属于总公司。

2. 软著的权属：软件著作权，即软著，是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。软著的权属通常归属于软件的开发者或其合法继受人。在分公司与总公司的关系中，如果软件是由总公司开发并享有著作权，那么分公司作为总公司的一部分，并不独立享有该软件的著作权。

二. 投标过程中软著的使用

1. 分公司使用总公司软著的限制：由于分公司不具有法人资格，且软著权属归属于总公司，因此分公司不能直接以其名义使用总公司的软著进行投标。分公司若要使用总公司的软著进行投标，必须获得总公司的明确授权。

2. 授权使用的合法性：如果总公司授权分公司使用其软著进行投标，并明确双方在投标过程中的权利和义务，那么这种使用是合法的。总公司可以通过出具授权书或其他法律文件，明确授权分公司使用其软著，并承担相应的法律责任。

三. 投标得分与软著的关系

1. 软著作为评分依据：虽然《中华人民共和国招标投标法》第十九条规定招标文件应当包括评标标准等所有实质性要求和条件，但并未直接规定软件著作权可以作为评标依据。然而，如果招标项目涉及软件开发或相关技术服务，且招标人认为软件著作权对于评估投标人的技术实力、研发能力或项目完成质量具有重要意义，那么招标人完全可以在招标文件中将软件著作权作为评标标准之一。

2. 未经授权使用软著的风险：在未获得总公司授权的情况下，分公司使用总公司的软著进行投标可能构成侵权行为，需要承担相应的法律责任。即使该行为未直接导致法律责任，也可能因不符合招标文件的要求（如要求投标人自身拥有软著）而导致投标无效或得分较低。

综上所述，总公司在投标时不能直接使用分公司的软件著作权得分。若要使用分公司的软著作为投标资质或技术实力的证明，必须获得总公司的明确授权，并确保该行为符合招标文件的要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。