在刑事案件中，双方达成协议后并非一定能撤诉，具体能否撤诉需视案件性质而定。以下从自诉案件和公诉案件两个角度进行详细分析：
一、自诉案件
在自诉案件中，即由被害人或者其法定代理人直接向人民法院提起诉讼的案件，双方达成和解协议后，自诉人通常可以向法院申请撤回起诉。这是因为自诉案件更注重当事人的意愿，双方和解后，自诉人可能就不想再追究被告人的刑事责任。例如，一些轻微的刑事案件，如故意伤害案（轻伤）等，双方经过协商达成赔偿等协议后，自诉人可以向法院申请撤回起诉，法院通常会准许。
二、公诉案件
对于公诉案件，即由国家公诉机关（检察院）代表国家提起诉讼，追究犯罪嫌疑人的刑事责任的案件，情况则有所不同。公诉案件的目的不仅仅是为了受害者的权益，更重要的是维护社会公共秩序和法律的尊严。因此，即使双方达成了某种协议，也不能直接导致案件撤诉。检察院会根据案件的具体情况，包括犯罪的性质、情节、社会危害程度等，来决定是否撤回起诉。
犯罪情节轻微的情况：如果犯罪情节较为轻微，且双方达成了和解协议，检察院可能会考虑作出不起诉的决定。但这并不意味着案件被“撤诉”，而是检察院根据法律规定和案件具体情况作出的不起诉处理。
犯罪情节严重的情况：如果犯罪情节较为严重，或者对社会秩序有较大影响，检察院一般不会同意撤诉，而会继续追究犯罪嫌疑人的刑事责任。即使双方达成了和解协议，检察院也可能会建议法院从轻处罚，但不会轻易撤诉。例如，对于故意杀人、强奸等严重刑事案件，即便双方和解，司法机构也无法撤销起诉，因为这类犯罪行为对社会秩序及公众利益构成了严重威胁，国家必须依法追究相关人员的刑事责任。
法律建议与后果
对于自诉案件：如果双方达成和解协议，自诉人可以向法院申请撤回起诉。但建议在申请前咨询专业律师，确保和解协议的内容合法、有效，并了解撤诉的法律后果。
对于公诉案件：即使双方达成和解协议，也不能直接导致案件撤诉。被告人仍需积极配合司法机关的调查和审判工作，并可以考虑通过律师向检察院提出从宽处理的建议。同时，和解协议可以作为量刑情节予以考量，适当从轻处罚。
法律后果：无论案件性质如何，双方达成和解协议后，被告人仍需承担相应的法律责任。对于自诉案件，如果法院准许撤诉，被告人可能不再承担刑事责任；但对于公诉案件，即使达成和解协议，被告人仍可能面临刑事处罚，只是处罚程度可能有所减轻。
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