股东会决议中，代理人签字应签自己的名字，但需注明其代表的股东身份。以下是对此问题的详细分析：

一、法律基础与规定

根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会决议需由出席会议的股东签字确认，以证明决议的真实性和有效性。当股东因故不能亲自出席股东会并签字时，可以委托他人（即代理人）代为出席和签字。在此情况下，代理人签字时应当签自己的名字，但同时需要注明其代表的股东身份，以确保决议的合法性和有效性。

二、代理人签字的法律意义

1. 代表股东意愿：代理人签字是代表股东行使表决权的一种方式。通过签字，代理人表达了其所代表股东对决议内容的认可和同意。
2. 确保决议合法性：代理人签字时注明其代表的股东身份，有助于确认决议的合法性和有效性。这可以防止因签字主体不明确而引发的法律纠纷。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确代理关系：在委托代理人出席股东会并签字前，股东应与代理人明确代理关系，包括代理权限、代理期限等。这可以通过书面委托书的形式进行确认。
2. 签字规范：代理人签字时，应确保签字清晰、可辨认，并注明其代表的股东身份。这有助于在后续法律程序中确认签字主体的合法性和有效性。
3. 公司章程的遵循：如果公司章程对股东会决议的签字要求有特别规定，如要求必须由股东本人签字或对代理人的签字有特定要求，那么应遵循公司章程的规定执行。

四、特殊情况下的处理

1. 股权变更：在股权变更过程中，如果原股东已经将其股权转让给新股东，但尚未完成工商变更登记，此时原股东委托的代理人签字可能不再具有法律效力。新股东应尽快完成工商变更登记，并委托新的代理人出席股东会并签字。
2. 多重代理：如果一个股东同时委托多个代理人出席股东会并签字，应明确各代理人的代理权限和签字顺序，以避免因代理关系不明确而引发的法律纠纷。

建议：在实际操作中，为确保股东会决议的合法性和有效性，公司应尽可能要求全体出席会议的股东（或其合法代理人）在决议上签字确认。如果股东因故不能亲自出席，应提前办理委托手续，并确保代理人签字时注明其代表的股东身份。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。