单方从货款中扣除违约金是否合法，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合同有明确约定的情况
合法情形：
- 如果货物买卖合同或租赁合同中明确约定了违约金条款，并且约定了在一方违约时，另一方有权从货款或租金中直接扣除违约金，那么这种单方扣除违约金的行为是合法的。因为合同是双方意思表示一致的产物，双方应当遵守合同约定。
注意事项：
- 即便合同有约定，扣除违约金的金额也应当合理，不得超过合同约定的违约金上限或实际损失的合理范围。如果扣除的违约金过高，违约方有权请求法院或仲裁机构予以适当减少。
二、合同无明确约定的情况
不合法情形：
- 如果合同中没有明确约定违约金条款，或者没有约定可以从货款或租金中直接扣除违约金，那么单方从货款中扣除违约金的行为可能是不合法的。因为这种行为缺乏合同依据，可能构成对另一方财产权的侵犯。
处理建议：
- 在这种情况下，如果一方认为另一方违约并希望获得赔偿，应当通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径来解决纠纷，而不是单方从货款中扣除违约金。
三、其他相关因素
违约行为的认定：
- 在判断单方扣除违约金是否合法时，还需要考虑违约行为的认定问题。如果一方确实存在违约行为，并且这种违约行为给另一方造成了损失，那么另一方有权要求赔偿。但是，赔偿的方式和金额应当符合合同约定或法律规定。
法律程序的遵循：
- 无论合同是否有约定，如果一方希望从货款中扣除违约金，都应当遵循相应的法律程序。例如，在仲裁或诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明违约行为的存在以及损失的大小。
四、法律后果
如果单方扣除违约金合法：
- 那么扣除方无需承担法律责任，被扣除方应当接受这一结果。但是，如果被扣除方认为扣除的违约金过高或不合理，仍然可以通过法律途径来寻求救济。
如果单方扣除违约金不合法：
- 那么扣除方可能需要承担返还多扣的违约金、赔偿损失等法律责任。被扣除方有权要求扣除方返还多扣的款项，并可以要求赔偿因此造成的损失。
建议：在签订合同时，双方应当明确约定违约金条款以及违约金的支付方式。如果发生纠纷，应当通过合法途径来解决，避免单方采取行动导致法律风险的增加。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。