若监理合同明确约定了竣工结束时间，但实际工程超出了该工期，处理方式需依据合同条款、法律规定及实际情况综合判断，具体如下：

一、合同条款的优先适用

1. 审查合同条款：

   • 首先，应详细审查监理合同中关于工期的约定，包括开工日期、竣工日期、工期延误的责任划分等。
   • 若合同中明确规定了工期延误的违约责任，如罚款、赔偿损失等，则双方应按照合同约定执行。

2. 合同未约定或约定不明：

   • 若合同中未对工期延误作出明确约定，或约定不明，则需依据相关法律规定及行业惯例来处理。
   • 在此情况下，双方可协商解决，如延长工期、调整费用等；若协商不成，可依据法律规定或行业惯例，通过仲裁或诉讼等途径解决争议。

二、法律规定的适用

1. 《民法典》相关规定：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 若因发包人原因导致工期延误，如未按时提供施工条件、未按时支付工程款等，发包人应承担相应的违约责任。
   • 若因承包人原因导致工期延误，如施工组织不当、技术力量不足等，承包人应承担相应的违约责任。

2. 行业惯例与公平原则：

   • 在处理工期延误问题时，还应考虑行业惯例和公平原则。
   • 例如，若因不可抗力因素（如自然灾害、政策调整等）导致工期延误，双方可协商免除或减轻违约责任。

三、实际操作的建议

1. 及时沟通协商：

   • 在发现工期可能延误时，双方应及时沟通协商，共同寻找解决方案。
   • 通过协商，可以调整工期计划、增加资源投入、优化施工方案等，以尽量减少工期延误带来的损失。

2. 保留证据材料：

   • 双方应妥善保留与工期延误相关的证据材料，如施工日志、会议纪要、往来函件等。
   • 这些证据材料在后续处理争议时将起到关键作用。

3. 寻求专业法律支持：

   • 若双方无法就工期延误问题达成一致意见，可寻求专业法律支持。
   • 作为专业律师，我可以为双方提供法律咨询、起草法律文件、参与谈判或诉讼等服务，以维护双方的合法权益。

针对您提出的问题，若监理合同已明确约定竣工结束时间但实际超出工期，我建议您首先审查合同条款，了解双方的权利义务及违约责任；其次，与对方及时沟通协商，共同寻找解决方案；最后，若协商不成，可寻求专业法律支持以维护自身权益。如有任何法律问题，请直接向我咨询。