在挂靠关系下，关于挂靠人（即实际施工人）能否直接向发包方主张工程款，以及工程款发票的开具问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、挂靠人能否直接向发包方主张工程款
法律关系认定：
- 在挂靠关系中，挂靠人（实际施工人）与被挂靠公司之间通常存在挂靠协议，但挂靠人并非被挂靠公司的员工，也不直接与发包方签订建设工程施工合同。
- 然而，如果发包人在签订合同时已经明知实际施工人为借用他人资质（即挂靠人），那么被挂靠方与发包人之间就建设特定工程实际上缺乏相互设定权利义务的合意。此时，挂靠方与发包人围绕合同订立、履行形成了事实上的建设工程施工合同关系。
司法实践：
- 根据相关司法解释和审判实务，挂靠关系中实际施工的挂靠方在特定情况下（如发包人明知挂靠事实）有权基于事实上的合同关系向发包人主张工程款。
- 法院在处理此类纠纷时，会综合考虑挂靠协议、实际施工情况、工程款支付情况等因素，以查明事实并准确划分挂靠方及发包方的民事责任。
案例分析：
- 以您提供的案例为例，实际施工人吕某某明知其与某建筑公司系挂靠关系，且涉案工程款并未支付至被挂靠公司账户，也没有证据证明被挂靠公司截留涉案工程款。因此，法院认定吕某某有权向发包人某房地产开发公司主张支付下欠工程款。
二、工程款发票的开具问题
发票开具原则：
- 在挂靠关系中，虽然实际施工人为挂靠人，但工程款发票的开具通常遵循“谁收款谁开票”的原则。即，如果工程款直接支付给挂靠人，且挂靠人具备开票资格，则应由挂靠人开具发票。
- 如果工程款先支付给被挂靠公司，再由被挂靠公司转付给挂靠人，且被挂靠公司同意代开发票（通常需扣除管理费等），则发票可能由被挂靠公司开具。但这种情况需双方明确约定，并符合相关税收法规。
实际操作建议：
- 为避免税务风险和法律纠纷，建议挂靠人与被挂靠公司在挂靠协议中明确约定工程款发票的开具方式、责任主体及税务处理等事项。
- 如果挂靠人直接向发包方主张工程款并收款，应确保具备开票资格或委托有资质的机构代开发票，以符合税收法规要求。
三、结论与建议
- 结论：在挂靠关系中，挂靠人（实际施工人）在特定情况下（如发包人明知挂靠事实）有权直接向发包方主张工程款。关于工程款发票的开具问题，应遵循“谁收款谁开票”的原则，并在挂靠协议中明确约定相关事项。
- 建议：为确保合法权益并避免法律风险，挂靠人应与被挂靠公司签订详细的挂靠协议，明确双方的权利义务、工程款支付方式、发票开具方式等关键条款。同时，在主张工程款和开具发票过程中，应严格遵守相关法律法规和税收政策。