针对您提出的“刑事案件被害人身份不明时，嫌疑人应如何处理”的问题，这是一个涉及刑事诉讼程序的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：
在刑事案件中，若被害人身份不明，这并不会阻碍司法机关对嫌疑人的处理进程。司法机关会遵循法定程序，确保案件的公正、公平处理。
一、侦查阶段
身份调查：公安机关在抓获嫌疑人后，会首先尝试调查核实其身份信息。若一时无法查清，这并不会导致司法程序停滞。公安机关会运用各种侦查手段，如走访调查、技术侦查等，全力确定嫌疑人身份。
侦查取证：对于已抓获但身份不明的嫌疑人，警方会根据现有的证据，如现场留下的物品、证人证言等，对其涉嫌的犯罪行为展开侦查取证。这一过程并不以查清嫌疑人身份为前提，而是基于犯罪事实和现有证据进行。
二、审查起诉阶段
证据审查：检察院接手案件后，会全面审查全案证据，包括嫌疑人涉嫌的犯罪行为、证据的充分性等。即便嫌疑人身份不明，只要证据确凿、充分，足以证明其实施了犯罪行为，检察院就会依法提起公诉。
提起公诉：在证据确实、充分的情况下，检察院不会因为嫌疑人身份问题而放过犯罪行为。它会依法对嫌疑人提起公诉，确保法律的公正和权威。
三、审判阶段
依据事实和证据判决：法院在审判时，会依据查明的事实和证据进行判决。身份不明并不影响定罪量刑，只要犯罪事实有足够证据证明，法院就可以依法作出判决。
后续处理：如果后续发现了嫌疑人的真实身份，法院可以通过审判监督程序等方式对案件进行相应处理和纠正。这确保了案件的公正性和准确性。
举例说明：
假设有一个案例，嫌疑人因涉嫌盗窃被公安机关抓获，但在侦查阶段拒不交代自己的真实姓名和住址，身份不明。公安机关会按照其自报的姓名展开侦查和起诉工作，同时对其身份进行调查。在侦查过程中，公安机关并未停止对其盗窃行为的侦查取证。最终查明了犯罪事实，证据确实、充分，但嫌疑人的身份依旧无法查明。此时，司法机关会按其自报姓名将其起诉至法院，法院会依据查明的事实和证据进行判决。
综上所述，即使刑事案件中的被害人身份不明，司法机关也会依法对嫌疑人进行处理，确保案件的公正、公平处理。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。