结论前置：房屋因自然灾害多次申请改造，在符合法律法规及政策要求的前提下是合法的，关键在于申请流程和改造内容要合规。以下是具体分析：

1. 合法性基础

• 法律依据：根据《城乡规划法》《自然灾害救助条例》等规定，因自然灾害导致房屋损坏的，产权人或使用人有权向当地政府申请改造或重建。若首次申请后因持续灾害（如余震、后续洪水）导致房屋再次受损，可依法多次申请。
• 政策支持：地方政府通常会出台专项政策（如灾后重建补助、危房改造计划），明确多次申请的条件和流程，需以当地政策为准。

2. 申请流程要点

• 材料准备：每次申请需提交房屋受损证明（如鉴定报告）、灾害发生证明（如气象部门文件）、改造方案及预算等。
• 审批程序：需经村委会/居委会初审、乡镇政府审核、县级住建部门审批，部分地区可能要求公示。
• 改造限制：改造不得超出原建筑面积、层高或改变土地用途，否则可能涉及违建。

3. 多次申请的合理性

• 情形一：持续灾害影响
  若首次改造后因同一灾害事件（如长期雨季导致多次塌方）导致房屋再次受损，可补充提交新受损证明，申请追加改造资金或方案调整。
• 情形二：不同灾害事件
  若房屋因不同灾害（如先地震后洪水）受损，需分别提交对应灾害的证明材料，按独立事件申请。
• 情形三：改造未达标
  若首次改造未解决安全隐患（如地基未加固），可申请补充改造，但需说明原因并提交专家意见。

4. 风险防范建议

• 合规性审查：改造前务必确认方案符合当地规划要求，避免因超标被认定为违建。
• 证据留存：保存每次灾害的官方报告、申请材料及审批文件，以备后续核查。
• 政策更新：关注地方政府灾后重建政策的调整，确保申请符合最新要求。

示例申请书框架（需根据实际情况调整）：

**关于XX房屋因自然灾害多次受损申请改造的报告**  
XX镇人民政府：  
本人XX（身份证号XX），住XX村XX组，房屋因XX灾害（时间、类型）受损，已于XX年XX月申请改造并获批。现因XX灾害（如后续余震/洪水）导致房屋再次出现XX问题（具体描述），经XX机构鉴定为XX级危房。现申请追加改造内容/资金，具体方案如下：  
1. 改造内容：XX（如加固地基、更换屋顶）；  
2. 预算明细：XX元；  
3. 符合政策依据：XX文件第X条。  
附：1. 灾害证明；2. 房屋鉴定报告；3. 首次改造审批文件。  
申请人：XX  
日期：XX  

如有具体案例或地区政策疑问，可直接向我咨询，我会结合实际情况进一步分析。