若公司挂靠的孵化器倒闭了，公司应首先确认挂靠协议的具体内容，并根据不同情况采取相应的法律措施。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、确认挂靠协议内容
审查协议条款：
- 首先，公司应仔细审查与孵化器签订的挂靠协议，特别是关于孵化器倒闭或无法继续提供服务时的处理条款。
- 协议中可能规定了孵化器倒闭后公司的权利、义务以及孵化器的责任，如是否提供替代服务、是否退还已支付的费用等。
明确双方责任：
- 根据协议条款，明确双方在此情况下的责任划分。如果协议中有明确规定，则按照协议执行；如果协议未明确规定，则需要根据相关法律法规进行判断。
二、根据协议内容采取相应措施
若协议有明确规定：
- 要求孵化器履行义务：如果协议规定孵化器在倒闭后应提供替代服务或退还费用，公司可以要求孵化器履行这些义务。
- 寻求法律救济：如果孵化器拒绝履行义务，公司可以通过法律途径（如诉讼、仲裁）来维护自己的权益。
若协议无明确规定：
- 协商解决：公司可以尝试与孵化器的管理层或相关方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，如寻找新的挂靠机构、协商退还部分费用等。
- 评估损失并寻求赔偿：如果协商无果，公司应评估因孵化器倒闭而遭受的损失，并考虑通过法律途径向孵化器或相关责任方寻求赔偿。这可能需要收集证据，证明损失与孵化器倒闭之间的因果关系。
三、考虑公司后续运营
寻找新的挂靠机构：
- 如果公司需要继续享受挂靠带来的便利（如政策优惠、资源共享等），应尽快寻找新的挂靠机构，并签订新的挂靠协议。
调整运营策略：
- 孵化器倒闭可能对公司运营产生一定影响，公司应根据实际情况调整运营策略，如加强自主创新能力、拓展市场渠道等，以降低对外部资源的依赖。
四、法律风险提示
- 合同风险：如果挂靠协议中存在模糊或不利于公司的条款，公司可能面临无法有效维护自己权益的风险。因此，在签订挂靠协议时，公司应仔细审查协议条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 诉讼风险：如果公司选择通过法律途径来维护自己的权益，可能面临诉讼成本高、周期长等风险。因此，在决定采取法律行动前，公司应充分评估诉讼的可行性和风险。
建议公司：在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，根据实际情况和法律法规采取相应的措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。