结论前置：

1. 借款合同按手印有效：按手印是有效的身份确认方式，与签字具有同等法律效力。
2. 还款后合同仍存在的处理：建议通过补充协议、留存还款凭证或销毁合同等方式规避风险。

一、关于“借款合同按手印是否有效”

1. 法律认可的签署方式
根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，按手印与签字、盖章具有同等法律效力，是法律明确认可的签署方式。

2. 按手印的效力依据

• 身份确认功能：手印具有唯一性，能准确关联到具体个人，避免代签、伪造风险。
  
• 司法实践认可：在民间借贷纠纷中，法院通常将按手印视为当事人真实意思表示的证据，除非存在胁迫、欺诈等法定无效情形。

3. 注意事项

• 合同内容合法性：即使按手印，若合同内容违反法律强制性规定（如高利贷），仍可能被认定无效。
  
• 手印清晰度：建议使用蓝色或红色印泥，确保指纹清晰可辨，避免因模糊导致效力争议。

二、关于“还款后借款合同仍存在怎么办”

1. 合同存在的法律意义
借款合同是证明借贷关系的原始凭证，即使债务已清偿，合同本身仍可能作为以下证据使用：

• 证明双方曾存在借贷合意；
  
• 明确借款金额、期限、利息等关键条款；
  
• 防范借款人反悔主张未还款。

2. 风险点与应对建议

• 风险1：借款人主张未还款
  应对：保留还款凭证（如银行转账记录、收条），并要求出借人出具《结清证明》，明确债务已清偿。
  
• 风险2：合同被恶意利用
  应对：
  
  1. 签订补充协议：与出借人协商签订《还款确认书》，注明“债务已结清，原合同终止”。
     
  2. 销毁或封存合同：双方同意的情况下，可销毁合同原件或封存于第三方机构（如公证处）。
     
  3. 公证还款事实：通过公证处对还款过程进行公证，增强证据效力。
     
• 风险3：合同丢失或损毁
  应对：若合同由出借人保管，可要求其返还或出具书面说明；若自行保管，建议扫描备份。

3. 实务建议

• 优先选择转账还款：避免现金还款无凭证的风险。
  
• 及时更新合同状态：还款后主动与出借人沟通，明确合同效力终止。
  
• 咨询律师协助：若合同涉及大额资金或复杂条款，可委托律师起草结清协议，确保无后患。

总结：按手印的借款合同合法有效，还款后合同仍存在需通过补充协议、凭证留存等方式规避风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我提问。