关于合同约定乙方农民工投诉，甲方处罚乙方是否违法的问题，结论需分情况讨论：
若合同约定合法且不违反公序良俗：在合同中，双方可以约定一定的权利和义务，包括对于某些行为的处罚措施。如果合同中的这一约定是双方自愿达成的，且没有违反法律法规的强制性规定，也没有损害国家、集体或第三人的利益，更没有违反公序良俗，那么这种约定在法律上通常是有效的。在此情况下，如果乙方农民工投诉，甲方按照合同约定对乙方进行处罚，并不构成违法。但需要注意的是，处罚措施必须合理，不能过分苛刻或显失公平。
若合同约定违法或违反公序良俗：如果合同中的这一约定违反了法律法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，又或者违反了公序良俗，那么这种约定在法律上是无效的。在此情况下，甲方不能依据无效的合同约定对乙方进行处罚，否则将构成违法。例如，如果合同约定乙方农民工投诉即视为违约，并需支付高额违约金，而这一违约金明显过高且不合理，那么这种约定就可能因违反公平原则而无效。
法律建议与可能的法律后果：
审查合同条款：建议双方在签订合同前，仔细审查合同条款，确保所有约定都符合法律法规的规定，且不违反公序良俗。如果发现合同中有违法或显失公平的条款，应及时提出并协商修改。
协商解决争议：如果双方在合同履行过程中发生争议，应首先尝试通过协商的方式解决。协商不仅可以维护双方的合作关系，还可以避免不必要的法律纠纷。
寻求法律救济：如果协商无果，且甲方确实依据违法或显失公平的合同约定对乙方进行了处罚，乙方有权寻求法律救济。乙方可以向劳动仲裁机构申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求确认合同条款无效，并返还因违法处罚而遭受的损失。
进一步思考的依据：
在处理此类问题时，应充分考虑合同的自愿性、合法性和公平性原则。自愿性原则要求合同双方在签订合同时应基于真实意愿，不受欺诈、胁迫等不正当手段的影响；合法性原则要求合同内容必须符合法律法规的规定；公平性原则则要求合同双方的权利和义务应相对平衡，不得显失公平。
同时，也应关注农民工这一特殊群体的权益保护。农民工在劳动过程中往往处于弱势地位，其合法权益容易受到侵害。因此，在处理涉及农民工的合同纠纷时，应更加注重对农民工权益的保护。
综上所述，合同约定乙方农民工投诉，甲方处罚乙方是否违法，需根据合同约定的具体内容以及法律法规的规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。