对农村集体土地上建造房屋的确权有异议的，可以通过以下法律程序解决：

1. 协商解决
   首先，建议与相关方（如村委会、其他权利人）进行友好协商，明确争议焦点，尝试通过沟通达成一致。这是最快捷、成本最低的解决方式，尤其适用于争议较小或事实清楚的情况。

2. 申请行政复议
   若协商无果，可向当地县级以上人民政府申请行政复议。根据《行政复议法》，对政府作出的土地确权决定不服的，可在知道该决定之日起60日内提出复议申请。复议机关将重新审查确权行为的合法性，并作出复议决定。

3. 提起行政诉讼
   若对行政复议结果仍不满意，或未选择复议程序，可直接向法院提起行政诉讼。根据《行政诉讼法》，应在知道或应当知道行政行为作出之日起6个月内起诉。法院将全面审查确权行为的合法性，包括程序是否合规、证据是否充分等。

4. 申请政府信息公开
   在诉讼或复议过程中，若发现确权依据不透明，可申请政府信息公开，获取相关土地档案、规划文件等证据。这有助于查明事实，增强己方主张的合理性。

5. 注意时效与证据

   • 时效：行政复议和诉讼均有严格时效限制，逾期将丧失救济权利。
     
   • 证据：需提前收集房屋建造时间、土地来源、使用情况等证据，如合同、付款凭证、证人证言等。必要时可申请专业机构进行土地测绘或权属鉴定。

温馨提示：农村集体土地确权涉及法律、政策双重规范，建议全程保留书面材料，并咨询专业律师协助处理。若有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案情为您详细分析。