关于“企业收免税代理费是否合法”的问题，这需要从多个角度进行综合分析和解答。

首先，我们要明确的是，企业收取任何费用，包括所谓的“免税代理费”，都必须有明确的法律依据和合规性。在税收领域，免税通常指的是根据税法规定，对某些特定项目或行为免征税款。然而，免税并不意味着可以随意收取与免税相关的代理费用。

接下来，我们参考国家发展改革委等四部门发布的《关于建立健全涉企收费长效监管机制的指导意见》。该指导意见明确提出了对涉企收费的监管要求，包括健全涉企收费目录清单制度、完善涉企收费政策评估审核工作机制等。这些措施旨在规范涉企收费行为，防止乱收费现象的发生。

1. 涉企收费目录清单制度：要求各部门、各省份建立政府部门及下属单位综合性涉企收费目录清单，实现目录清单全覆盖。凡是清单之外的收费项目，一律不得收取。这为企业提供了一个“明白账”，有助于企业了解并核实应缴纳的费用。

2. 涉企收费政策评估审核：加强对新出台涉企收费政策合法性、公平性以及社会预期影响等方面的评估审核，对存量政策开展专项整治。这有助于确保收费政策的合规性和合理性。

3. 违规收费查处：市场监管总局等部门将重点查处自立收费项目、超标准收费、转嫁费用等问题。这表明，对于违规收费行为，监管部门将采取严厉措施进行查处。

现在，我们回到原问题：企业收免税代理费是否合法？

• 如果企业收取的“免税代理费”没有明确的法律依据或政策支持，且未纳入涉企收费目录清单，那么这种收费行为很可能是不合法的。
• 如果企业能够证明其收取的“免税代理费”是基于合法的代理服务，且该服务确实有助于企业享受免税政策，同时该费用也已纳入涉企收费目录清单并符合相关政策规定，那么这种收费行为可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体案例具体分析。

建议：

• 企业在考虑收取或支付“免税代理费”时，应首先核实该费用的合法性和合规性。
• 企业可以咨询当地税务部门或相关监管机构，以获取更准确的指导和建议。
• 企业应确保所有收费行为都符合相关法律法规和政策要求，以避免潜在的法律风险和合规问题。

综上所述，企业收免税代理费是否合法取决于多个因素，包括费用的法律依据、政策支持、是否纳入涉企收费目录清单等。因此，企业在处理此类问题时，应谨慎行事并咨询专业意见。