关于单位人事科公章的法律效力，这主要取决于公章的使用场景、授权情况以及相对人的合理信赖等因素。以下是对此问题的详细解答：
一、公章的基本法律效力
首先，需要明确的是，任何单位或组织的公章，在其被授权使用的范围内，都具有法律效力。这种法律效力体现在公章能够代表单位或组织的意志，对外部产生法律约束力。
二、人事科公章的特定法律效力
对于单位人事科公章而言，其法律效力通常局限于人事管理相关事务。这是因为人事科作为单位内部的一个部门，主要负责员工招聘、培训、考核、薪酬管理以及劳动关系处理等事务。因此，在人事管理范围内，人事科公章的使用通常是被认可的，并具有相应的法律效力。
三、人事科公章法律效力的限制
然而，人事科公章的法律效力并非绝对。其法律效力受到以下因素的限制：
授权范围：人事科公章的使用必须在其被授权的范围内。如果超出授权范围使用，该公章可能不具有法律效力。例如，如果人事科未经单位授权，擅自以单位名义签订经济合同，那么该合同可能因公章使用不当而无效。
相对人合理信赖：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果相对人有理由相信行为人有代理权（即表见代理），那么代理行为有效。在人事管理事务中，如果劳动者有理由相信人事科作出的决定代表着单位的真实意思表示，那么即使该决定未经单位主要负责人同意，也可能被视为有效。但这一原则并不适用于所有场景，特别是当涉及重大经济利益或法律责任时。
单位规章制度：单位内部可能制定有关于公章使用的规章制度。这些规章制度可能对人事科公章的使用范围、审批程序等作出具体规定。如果人事科公章的使用违反了这些规章制度，那么其法律效力可能受到质疑。
四、实际案例分析
以您提供的案例为例，小王收到的两份解除劳动合同通知书中，一份加盖了人事部专用章，另一份加盖了公司公章。在仲裁过程中，对于加盖人事部专用章的通知书是否有效存在争议。仲裁委最终采纳了表见代理的观点，认为小王作为劳动者有理由相信人事部作出的解除劳动合同通知代表着公司的真实意思表示。然而，这一判断是基于特定情境下的合理信赖原则，并不意味着人事科公章在所有情况下都具有与公司公章同等的法律效力。
五、建议与风险提示
明确授权范围：单位应明确人事科公章的使用范围，并通过规章制度或授权文件予以明确。
加强公章管理：单位应加强对公章的管理，确保公章的使用符合规定程序，防止滥用或盗用。
谨慎使用解除权：在涉及劳动合同解除等重大事项时，单位应谨慎使用解除权，并确保相关决定符合法律法规和单位规章制度的要求。
完善争议解决机制：单位应建立完善的争议解决机制，以便在发生争议时能够及时、有效地解决问题。
综上所述，单位人事科公章的法律效力取决于其使用场景、授权情况以及相对人的合理信赖等因素。在人事管理范围内，人事科公章通常具有法律效力；但超出该范围或违反相关规定时，其法律效力可能受到质疑。因此，单位应加强对公章的管理和使用规范，以确保其合法性和有效性。