结论前置：在他人宅基地里乱垫石子属于违法行为，可能涉及民事侵权和行政违法，严重者可能构成刑事犯罪。具体处理方式需结合行为性质和后果，分情况说明如下：

1. 民事侵权层面：需承担停止侵害、赔偿损失等责任

根据《民法典》第236条（妨害物权请求权）和第1165条（过错责任原则），宅基地使用权人对其土地享有排他性支配权。未经许可擅自垫石子，可能构成对物权的侵害，权利人可要求：

• 停止侵害：立即清理石子、恢复土地原状；
  
• 赔偿损失：若垫石子导致土地损坏（如排水系统破坏、地基沉降等），需赔偿修复费用或土地价值减损；
  
• 排除妨碍：若石子影响通行或使用，需消除妨碍。
  

建议：权利人可先通过协商或村委会调解解决；若无效，可向法院提起民事诉讼，要求侵权人承担责任。

2. 行政违法层面：可能面临行政处罚

若垫石子行为违反土地管理法规（如《土地管理法》第77条），可能被认定为“非法占用土地”或“破坏耕地”。行政机关可责令：

• 限期改正（如清理石子、恢复土地）；
  
• 罚款（按非法占用土地面积计算，每平方米100-1000元）；
  
• 若涉及耕地，还可能面临更严厉的处罚。
  

关键点：宅基地虽属集体所有，但使用权人依法享有保护。即使土地闲置，他人也无权擅自使用。

3. 刑事犯罪层面：极端情况下可能构成犯罪

若垫石子行为导致严重后果（如破坏耕地质量、引发地质灾害），可能触犯《刑法》第342条（非法占用农用地罪）或第275条（故意毁坏财物罪）。例如：

• 故意毁坏财物罪：若垫石子导致土地价值大幅下降（如毁坏经济作物、破坏建筑基础），且损失达5000元以上，可能处3年以下有期徒刑；
  
• 非法占用农用地罪：若宅基地属于耕地，且非法占用面积达10亩以上，可能处5年以下有期徒刑或拘役。
  

提醒：刑事犯罪需以“故意”和“严重后果”为前提，普通纠纷一般不涉及，但需警惕行为升级风险。

处理建议

1. 立即停止行为：若您是实施者，应主动清理石子、恢复原状，避免损失扩大；
   
2. 协商或调解：双方可协商赔偿或通过村委会、司法所调解；
   
3. 行政投诉：权利人可向当地自然资源局或农业农村局举报违法行为；
   
4. 法律诉讼：若协商、调解无果，可向法院提起民事诉讼或申请行政强制执行。
   

总结：宅基地使用权受法律严格保护，未经许可擅自使用可能面临多重法律责任。建议根据行为性质和后果，选择合法途径解决纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。