霸占国有土地建房，向法院起诉是有效的。以下是对这一结论的详细阐述：

1. 法律依据：

   • 根据相关法律法规，国有土地属于国家所有，任何单位或个人不得非法侵占。若有人霸占国有土地建房，即构成对国有土地使用权的非法侵占，权利人（如国家土地管理部门或相关权利人）有权向法院提起诉讼，要求侵占者停止侵害、排除妨碍、返还土地并赔偿损失。

2. 诉讼时效问题：

   • 一般而言，向法院请求保护民事权利的诉讼时效为三年，从权利人知道或应当知道权利受损及义务人时起算。但涉及不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产，不适用诉讼时效规定。因此，对于霸占国有土地建房的情况，若权利人能及时发现并提起诉讼，通常不会受到诉讼时效的限制。

3. 法律后果：

   • 若法院认定侵占国有土地建房的事实成立，侵占者可能面临停止侵害、排除妨碍、返还土地、赔偿损失等法律责任。同时，侵占者的行为还可能构成违法用地，受到土地管理部门的行政处罚。

4. 建议：

   • 若发现有人霸占国有土地建房，权利人应及时向土地管理部门举报，并考虑向法院提起诉讼以维护自身合法权益。
   • 在提起诉讼前，权利人应尽可能收集证据，如土地权属证明、侵占现场照片、证人证言等，以支持自己的诉讼主张。

综上所述，霸占国有土地建房是违法行为，权利人向法院起诉是有效的。在提起诉讼时，应确保证据充分、法律依据明确，以维护自身合法权益。