结论：工资发放按工种等级证书发，其合理性与合法性需结合具体情况判断，不能一概而论。
合理性分析
技能导向型行业：
- 在某些技能导向型行业，如高级技工、专业技师等，工种等级证书往往代表了员工的专业技能水平。在此类行业中，将工资与工种等级证书挂钩，可以激励员工提升技能，增强企业竞争力，具有一定的合理性。
非技能导向型行业：
- 然而，在非技能导向型行业，如行政、销售等，工种等级证书可能并非衡量员工工作表现或贡献的主要标准。此时，若仅依据工种等级证书发放工资，可能无法准确反映员工的实际工作价值，从而引发不合理性。
合法性分析
符合劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。若劳动合同中明确约定了工资发放与工种等级证书挂钩，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则这种发放方式是合法的。
违反劳动合同约定或法律规定：
- 若劳动合同中未约定工资发放与工种等级证书挂钩，或该约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如最低工资标准、同工同酬原则等），则这种发放方式可能是违法的。此外，如果企业仅以工种等级证书为由，对相同岗位、相同工作量的员工实行不同的工资标准，也可能构成对同工同酬原则的违反。
建议与后果
建议：
- 对于企业而言，在制定工资发放制度时，应充分考虑员工的实际工作表现、贡献以及市场行情等因素，确保工资分配的公平性和合理性。同时，应遵守相关法律法规，避免违法违规行为。
- 对于员工而言，若认为工资发放方式不合理或违法，可以与企业进行协商，或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 若企业违法违规发放工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，员工也有权要求企业补发工资差额、支付经济补偿等。
举例说明：假设某企业与员工签订的劳动合同中明确约定，高级技工的工资将高于普通技工，且该约定符合相关法律法规。在此情况下，企业按照工种等级证书发放工资是合法的。然而，若企业未与员工签订此类约定，或约定违反了法律法规，则企业可能面临法律纠纷和处罚。
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