若被告公司已注销且原告不同意变更被告，法院通常会裁定驳回起诉。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条：起诉必须符合下列条件，其中包括“有明确的被告”。若被告公司已被注销，其民事主体资格已消灭，不再符合“有明确的被告”这一条件，因此法院可能会以被告不明确为由，裁定驳回起诉。

2. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条：企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。这一条款提供了在企业法人被注销但未经依法清算时的替代性解决方案。然而，若公司已合法注销且完成清算程序，则无法适用此规定，此时若原告仍坚持以原公司为被告，法院将驳回起诉。

二、处理原则与司法实践

1. 被告主体资格的丧失：公司注销后，其民事权利能力和民事行为能力随之终止，无法再作为适格的诉讼主体参与诉讼。这是法院驳回起诉的主要法律基础。

2. 权利义务承受人的确定：

   • 若公司在注销前已进行合法清算，并确定了权利义务承受人（如继受公司或清算组），则原告可尝试将权利义务承受人列为新的被告，继续诉讼。但在此情况下，若原告不同意变更被告，法院将驳回起诉。
   • 若公司未经合法清算即被注销，且存在股东、发起人或出资人等责任主体，原告可根据相关法律规定，将这些责任主体列为被告提起诉讼。但同样，若原告坚持要求以已注销的公司为被告，法院将驳回起诉。

3. 司法实践中的处理方式：在实际操作中，法院会要求原告提供证据证明被告公司的注销情况及其权利义务承受人的信息。若原告无法提供充分证据，法院可能会直接裁定驳回起诉。

三、建议与注意事项

1. 及时查询被告公司状态：在提起诉讼前，原告应通过国家企业信用信息公示系统等渠道查询被告公司的注册登记状态，确保其仍为有效的诉讼主体。若发现被告公司可能处于注销过程中或已注销，应及时调整诉讼策略。

2. 保留相关证据：若发现被告公司可能处于注销过程中或已注销，原告应及时收集并保留与被告公司相关的合同、协议、交易记录等证据材料，以便后续维权使用。这些证据在后续可能涉及的针对股东、发起人或出资人的诉讼中至关重要。

3. 寻求专业法律帮助：面对复杂的法律问题，原告应咨询专业律师的意见，了解自身权益及可行的法律途径。律师可根据具体情况为原告提供专业的法律建议和诉讼策略，帮助原告更好地维护自身权益。

总结来看，若被告公司已注销且原告不同意变更被告，法院通常会以被告不明确为由，裁定驳回起诉。原告应及时调整诉讼策略，考虑将权利义务承受人或相关责任主体列为新的被告，并寻求专业法律帮助以更好地维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。