犯罪嫌疑人主动上交违法所得，公安机关一般会依法进行查封、扣押或冻结，并随案移送至检察机关，最终由法院判决处理。具体处理流程及法律依据如下：

1. 公安机关的初步处理
   根据《刑事诉讼法》及相关规定，公安机关在侦查阶段若发现犯罪嫌疑人有主动上交违法所得的行为，会依法对涉案财物进行查封、扣押或冻结。这一步骤的目的是确保违法所得不被转移或隐匿，为后续的司法程序提供物质保障。公安机关需制作详细的清单，记录财物的名称、数量、特征等信息，并由犯罪嫌疑人签字确认。

2. 随案移送至检察机关
   在侦查终结后，公安机关会将案件及查封、扣押、冻结的违法所得一并移送至检察机关审查起诉。检察机关在审查过程中，会对违法所得的来源、性质及数额进行核实，确保其与犯罪行为直接相关。若检察机关认为违法所得的认定存在疑问，可能会要求公安机关补充侦查或自行调查。

3. 法院的最终判决与处理
   案件进入审判阶段后，法院会根据查明的事实和法律规定，对违法所得作出最终判决。若法院认定违法所得确属犯罪所得，会依法予以没收，上缴国库；若违法所得与犯罪行为无直接关联，或属于犯罪嫌疑人合法财产，法院会判决返还。此外，若犯罪嫌疑人在审判阶段主动退赃，法院可能会将其视为量刑情节，在判决时予以从轻或减轻处罚。

特殊情形下的处理

• 退赃与量刑的关系：根据《刑法》及相关司法解释，犯罪嫌疑人主动退赃，表明其有悔罪表现，法院在量刑时会予以考虑，可能从轻或减轻处罚。但需注意，退赃并非免罪理由，而是量刑时的参考因素。
  
• 违法所得的追缴与返还：若违法所得涉及被害人财产，法院会判决返还被害人；若无明确被害人，则上缴国库。追缴过程中，需严格区分违法所得与合法财产，避免侵犯犯罪嫌疑人的合法权益。

建议
若您或他人涉及此类情形，建议主动配合公安机关调查，如实说明违法所得的来源及去向，并保留相关证据。如有疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供法律意见。