结论前置：针对客户转钱给员工而员工未转回公司导致的合同纠纷，可采取以下措施处理：

1. 内部核查与沟通

   • 核查转账记录与合同条款：首先，公司应详细核查与客户之间的合同条款，确认转账的性质、目的及双方的权利义务。同时，审查公司内部关于员工代收款项的规章制度，明确员工在此类交易中的职责与权限。
   • 与员工沟通：尝试与涉事员工进行沟通，了解其未将款项转回公司的具体原因。可能是误解、疏忽或存在其他隐情。通过沟通，尝试达成内部解决方案，如员工补缴款项或提供合理解释。

2. 发送正式函件

   • 催款函：若内部沟通无果，公司可向员工发送正式的催款函，明确要求其在一定期限内将款项转回公司，并告知逾期未还的法律后果。
   • 律师函：若催款函无效，可委托律师发送律师函，以更正式、更具法律威慑力的方式要求员工履行义务。律师函中应详细阐述事实依据、法律依据及公司要求，并设定合理的回复期限。

3. 法律诉讼

   • 提起民事诉讼：若员工仍拒绝履行义务，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工返还款项并承担违约责任。在诉讼过程中，公司需提供充分的证据证明转账事实、员工未履行义务及因此造成的损失。
   • 申请财产保全：为防止员工在诉讼期间转移财产，公司可向法院申请财产保全，冻结员工的相关资产，确保判决后能够顺利执行。

4. 刑事报案（如适用）

   • 职务侵占罪：若员工利用职务之便，将公司财物非法占为己有，数额较大，可能构成职务侵占罪。公司可向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
   • 诈骗罪：若员工以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方式骗取公司财物，可能构成诈骗罪。同样，公司可向公安机关报案。

5. 完善内部管理

   • 加强培训：公司应加强对员工的法律培训，特别是关于财务管理、合同履行等方面的培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
   • 完善制度：建立健全的财务管理制度和内部控制机制，明确员工在代收款项、合同履行等方面的职责与权限，防止类似事件再次发生。

在处理此类纠纷时，公司应保持冷静、理性，通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。