结论：作价入股农业银行的土地能否公开拍卖，需分情况讨论，具体如下：

1. 若土地为国有划拨用地
   根据《城市房地产管理法》第四十条，以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时需经有批准权的人民政府审批，并办理土地使用权出让手续或缴纳土地出让金。若作价入股后未完成上述程序，直接公开拍卖可能因违反法定程序被认定无效，甚至面临行政处罚。

2. 若土地为出让用地且权属清晰
   若土地已通过出让方式取得，且入股时已依法办理权属变更登记（即农业银行成为合法土地使用权人），则该土地可作为农业银行的企业资产进行处置。此时，若农业银行因债务纠纷或其他法定事由进入司法程序，法院可依法对该土地进行拍卖；若为农业银行自主处置资产，也需符合公司章程及内部决策程序。

3. 若存在权属争议或程序瑕疵
   若作价入股过程中存在未评估、未审批、未登记等程序瑕疵，或土地实际权属与登记不符（如存在隐名股东、共有权人争议），则公开拍卖可能因权属纠纷被中止或撤销，甚至引发赔偿责任。

建议：

• 核查土地权属证明（如《国有土地使用证》）及入股时的评估报告、审批文件；
  
• 若涉及司法拍卖，需通过法院执行程序进行；若为自主处置，需完善内部决策流程并公告；
  
• 存在争议时，建议先通过行政复议或民事诉讼确认权属，再启动拍卖程序。
  

如有进一步细节（如土地性质、入股协议条款等），可提供具体信息以便更精准分析。