针对您提出的“起诉离婚时，被告有原告暧昧的证据，法院会如何判决离婚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，仅凭暧昧行为本身，并不能直接作为法院判决离婚的关键依据。法院在判决离婚时，主要考量的是夫妻感情是否确已破裂，这是判决离婚的核心标准。暧昧行为虽然可能反映出夫妻关系存在问题，但难以直接证明感情已经破裂到无法挽回的地步。

然而，如果原告能够提供其他证据，如长期分居、家暴、虐待等，与暧昧证据相结合，共同证明夫妻感情已经破裂，那么法院在审理时可能会考虑这些因素，并有可能判决离婚。在这种情况下，暧昧证据可以作为辅助证据，增强法院对夫妻感情破裂的认定。

另外，如果暧昧证据充分，且对无过错方（即原告）造成了明显的伤害，那么在财产分割时，法院可能会基于照顾无过错方的原则，适当对无过错方进行多分。但需要注意的是，这种多分并不是绝对的，而是根据具体情况和法官的裁量来决定的。

对于子女抚养权的归属，暧昧证据也可能产生一定影响。法院在判定子女抚养权时，会综合考量各种因素，包括父母的经济能力、教育背景、生活作风等。如果暧昧证据表明被告在生活作风上存在不利于孩子成长的因素，那么法院在判定抚养权时可能会有所倾斜。

以具体案例为例，假设小朱与小丽是夫妻，婚后小朱发现小丽与他人存在暧昧行为，并收集了相关证据后向法院提起离婚诉讼。如果小朱仅凭暧昧证据起诉离婚，而无法提供其他证明夫妻感情破裂的证据，那么法院可能不会支持小朱的离婚请求。但如果小朱能提供充分证据证明小丽的暧昧行为已导致夫妻感情无法挽回，或者能提供其他证明夫妻感情破裂的证据，那么法院可能会判决离婚，并在财产分割和子女抚养权归属上考虑暧昧证据的影响。

综上所述，暧昧证据在离婚诉讼中可以作为辅助证据，但并不能直接决定法院的判决结果。法院在判决离婚时，会综合考量各种因素，包括夫妻感情是否确已破裂、其他证据的存在以及暧昧证据对财产分割和子女抚养权归属的影响等。因此，如果您面临类似的情况，建议咨询专业律师，以便更好地了解自己的权益和诉讼策略。