关于您提出的“单位能办特殊工种证明吗”这一问题，我需要先明确一点：通常我们所说的“特殊工种证明”可能更偏向于特殊工时工作制度的行政许可，而非严格意义上的“特殊工种”资质证明（后者多涉及特定行业如化工、矿山等的职业资格认证）。基于您可能关心的特殊工时工作制度，以下是我的详细解答：
一、单位可以申请特殊工时工作制度行政许可
确实，单位可以根据自身的生产经营特点和工作性质，向当地人力资源和社会保障局申请特殊工时工作制度的行政许可。这主要包括综合计算工时工作制和不定时工作制两种。
二、申请条件与依据
申请条件：
- 对于不定时工作制，通常适用于企业高级管理岗位、可以自主安排工作时间的技术研发岗位、需要机动作业的外勤推销岗位等。
- 对于综合计算工时工作制，则适用于受季节、资源、环境等自然条件限制需要集中作业的岗位，或中断作业可能影响社会公共利益的岗位等。
申请依据：
- 主要依据包括《中华人民共和国行政许可法》、《中华人民共和国劳动法》以及相关部委发布的关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法等。
三、申请材料与流程
申请材料：
- 包括用人单位部分岗位实行特殊工时制度的书面申请报告和行政许可申请书、单位法人营业执照复印件、岗位说明书、员工花名册及问卷调查表、相关规章制度、工会或职工意见等。
办理流程：
- 通常包括提交申请材料、初审、复审审批等环节。初审主要检查材料的真实性和完整性，复审审批则对申请材料的实质内容进行核实，并可能组织现场核查和职工代表座谈。
四、办理时限与地点
办理时限：
- 法定时限通常为20个工作日，但承诺时限可能更短，如6个工作日或15个工作日，具体取决于当地人社局的规定。
办理地点：
五、注意事项
- 申请材料需加盖用人单位公章，确保材料的真实性和合法性。
- 如有未成立工会组织的情况，需提交职工代表大会或职工大会的决议及到会职工签名。
- 申请前建议详细了解当地人社局的具体要求和流程，以确保申请顺利。
综上所述，单位确实可以根据自身情况申请特殊工时工作制度的行政许可，但需按照当地人社局的要求准备相关材料并遵循办理流程。如果您需要更具体的指导或帮助，建议直接联系当地人社局或查阅其官方网站上的相关信息。