针对您提出的合伙人到期后清算问题，且双方清算结果不认可、公司仍在运营的情况，以下是我的详细分析和建议：
一、清算协议与清算程序的重要性
清算协议：
- 合伙人之间在清算时，应首先尝试达成清算协议。这份协议应明确清算的原则、方法、时间表以及争议解决机制。
- 若双方已尝试但无法达成一致，可能需要考虑通过法律途径解决争议。
清算程序：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司清算应遵循一定的程序，包括成立清算组、通知债权人、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单等。
- 若公司仍在运营，但合伙人之间存在清算争议，这可能表明清算程序尚未启动或未得到有效执行。
二、双方清算结果不认可的解决途径
协商与调解：
- 双方可以再次尝试通过协商或调解的方式解决清算争议。这可以包括邀请第三方中立机构或专业人士进行调解。
- 协商和调解具有灵活性和高效性，有助于维护双方的关系并降低解决争议的成本。
仲裁或诉讼：
- 若协商和调解无果，双方可以考虑通过仲裁或诉讼的方式解决争议。
- 仲裁通常具有更快的解决速度和更低的成本，但结果具有终局性。
- 诉讼则通过法院进行，结果具有强制执行力，但可能耗时较长且成本较高。
三、公司仍在运营的法律影响
公司法人的独立性：
- 公司作为法人实体，其运营不受合伙人之间清算争议的直接影响。
- 然而，若清算争议导致公司无法正常运营或面临法律风险，这可能对公司的长期发展产生不利影响。
清算义务与责任：
- 合伙人作为公司的出资人或管理者，有义务参与并推动清算程序的进行。
- 若因合伙人之间的争议导致清算程序停滞或无法完成，相关合伙人可能需承担法律责任。
四、具体建议
重新审视清算协议：
- 双方应重新审视并尝试修改清算协议，以明确清算的原则、方法和时间表。
- 若无法达成一致，可以考虑邀请专业律师或会计师参与协商过程。
启动或加速清算程序：
- 若清算程序尚未启动，双方应尽快成立清算组并开始清算工作。
- 若清算程序已启动但进展缓慢，双方应共同努力加速清算进程。
考虑法律途径：
- 若双方无法通过协商或调解解决争议，且清算程序无法有效推进，可以考虑通过仲裁或诉讼的方式解决争议。
- 在此过程中，建议双方聘请专业律师提供法律支持。
关注公司运营：
- 在解决清算争议的同时，双方应关注公司的正常运营，确保公司不受清算争议的影响。
- 若公司运营受到严重影响，可能需要考虑采取临时措施或寻求外部支持。
最后，我建议您在处理此类复杂问题时，务必保持冷静和理性，积极寻求专业法律支持。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。