关于冻结涉企账户时冻结资金数额的问题，这确实是一个需要细致考虑和规范操作的重要环节。

首先，我们要明确的是，冻结涉企账户的资金数额并不是随意确定的，而是需要基于具体的案件情况和法律规定来进行。在您提到的案例中，安徽省某包装材料有限公司的账户因为上游资金涉嫌电诈犯罪，导致其近400万元资金被全额冻结。然而，经过检察院的深入调查和监督，发现实际上只有10万元的资金与涉嫌诈骗、洗钱犯罪有关联。因此，在查清案件事实的基础上，检察院监督公安机关对该公司账户进行了限额冻结，仅对账户中10万元涉诈资金予以冻结，其余资金均予以解冻。

这个案例充分说明了，在冻结涉企账户时，必须严格遵循法律规定和案件事实，不能随意扩大冻结范围或冻结与案件无关的资金。否则，不仅会给企业带来不必要的经济损失，还可能影响企业的正常经营和员工的生计。

为了进一步规范涉企财产的查封、扣押、冻结措施，保护市场主体的合法权益，相关部门也出台了相应的协作意见和机制。例如，宁波市检察院会同市公安局出台了《在办理涉企刑事案件中规范适用查封、扣押、冻结措施的协作意见》，并建立了协作机制，从源头上阻断此类问题的发生。

综上所述，冻结涉企账户时冻结资金数额的确定需要基于具体的案件情况和法律规定，不能随意扩大冻结范围或冻结与案件无关的资金。同时，相关部门也应加强协作和监督，确保涉企财产的查封、扣押、冻结措施得到规范适用，切实保护市场主体的合法权益。