关于社会代理机构是否能代理涉密项目的问题，这实际上涉及到政府采购的相关法规和规定。

首先，我们需要明确的是，涉密项目由于其特殊性，往往受到更为严格的监管和管理。在政府采购领域，对于纳入集中采购目录的政府采购项目，有着明确的代理采购规定。

根据《政府采购法》第十八条的规定，采购人采购纳入集中采购目录的政府采购项目，必须委托集中采购机构代理采购。这意味着，对于这类项目，社会代理机构通常是没有资格进行代理的。集中采购机构在政府采购中扮演着重要的角色，它们负责执行集中采购任务，确保采购过程的公开、公平、公正。

然而，对于未纳入集中采购目录的政府采购项目，采购人则有更多的自主权。他们可以选择自行采购，也可以选择委托集中采购机构在委托的范围内代理采购。但即便如此，这并不意味着社会代理机构就可以随意代理这些项目。因为涉密项目的特殊性，其代理采购往往还需要满足更为严格的安全和保密要求。

此外，即使当地没有设立集中采购机构，或者设立有一定困难，也不能随意将集中采购目录以内的采购项目委托给非集中采购机构代理采购。这种情况下，通常会采取委托上级集中采购机构、或同一地域的集中采购机构代理采购、或调整集中采购目录等方法来解决。

综上所述，社会代理机构在一般情况下是不能代理涉密项目的，尤其是那些纳入集中采购目录的政府采购项目。对于未纳入集中采购目录但涉及涉密的项目，也需要谨慎选择代理机构，并确保其满足相关的安全和保密要求。因此，如果您有涉密项目的代理需求，建议首先咨询相关的政府采购监督管理部门或专业律师，以获取更为准确和权威的解答。