关于半挂车超员的处罚问题，首先需要明确的是，半挂车作为货运车辆，其超员（通常指超载）的处罚与客运车辆超员有所不同，且主要依据的是超载的重量比例而非人数比例。不过，从您提供的信息中，我们可以了解到超载（类似超员在货运中的概念）的一般处罚原则。

对于半挂车等货运车辆超载的处罚，主要依据的是《中华人民共和国公路法》和《超限运输车辆行驶公路管理规定》等相关法律法规。具体来说：

1. 超载认定：

   • 根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，不同类型的车辆有不同的车货总重限制。例如，您提到的案例中，6轴重型半挂牵引车的车货总重限制为49吨。
   • 当车辆的实际车货总重超过这一限制时，即被认定为超载。

2. 处罚措施：

   • 处罚措施通常包括责令改正违法行为（如卸载超载货物）和罚款。
   • 罚款的金额根据超载的重量比例和情节严重程度而定。例如，在您提供的案例中，广西贵港荣鑫达物流有限公司因超载被罚款叁仟陆佰元整人民币。
   • 此外，如果逾期不缴纳罚款，还可能面临每日按罚款数额的3%加处罚款的处罚。

3. 法律救济途径：

   • 如果对处罚决定不服，可以在法定期限内（如60日内）向相关政府部门申请行政复议，或在法定期限内（如六个月内）向人民法院提起行政诉讼。

需要注意的是，虽然您的问题中提到了“超员”，但在货运车辆中，我们通常使用“超载”这一术语来描述车辆超过其核定载重量的行为。对于客运车辆超员（即超过核定载客人数）的处罚，则依据不同的法律法规和超员比例进行，与货运车辆超载的处罚有所不同。

综上所述，半挂车超载（类似超员在货运中的概念）的处罚主要依据超载的重量比例和情节严重程度而定，包括责令改正违法行为和罚款等措施。如果对处罚决定不服，可以通过法律途径进行救济。