关于“污染环境罪违法所得是否扣除成本”的问题，不能一概而论，需要具体分析。
法律条款与司法实践：
- 根据相关法律法规及司法实践，违法所得的计算并非简单地扣除或不扣除成本。它取决于具体的法律条款以及案情的特性。
- 例如，在某些环境污染案件中，如果企业为了改善污染状况而投入了合理且合法的成本，那么在计算违法所得时，有可能会对这些成本进行适当的扣除。但如果涉案的收益完全来源于非法行为，那么这些收益通常将不予扣除。
扣除成本论与不扣除成本论：
- 扣除成本论：持此观点者主张，违法所得应将其用以从事违法行为的正当开支予以扣除。这种观点在某些司法实践中得到了支持，如最高人民法院研究室曾就非法经营罪中的“违法所得”给出回复，认为应扣除为进行正常业务所必需的合理支出。
- 不扣除成本论：另一派人则坚持认为，违法所得无需扣除任何成本，因为犯罪成本是犯罪行为的必要部分。这种观点也具有一定的法律依据和理论支持。
具体案例分析：
- 在实际案例中，法院会根据具体的案情、证据以及相关法律法规来综合判断违法所得是否应扣除成本。因此，每个案件的结果可能会有所不同。
综上所述，污染环境罪违法所得是否扣除成本，并非一个绝对的问题。它需要根据具体的法律条款、案情特性以及司法实践来综合判断。如果你面临具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况给出更详细的解答。