关于离职补偿金是否可以分两次发放的问题，这主要取决于用人单位与劳动者之间的协商结果。

首先，从法律层面来看，《劳动合同法》等相关法律法规规定，用人单位在与劳动者解除劳动合同时，应当一次性付清劳动者的工资及经济补偿。这是法律对用人单位支付离职补偿金的基本要求，旨在保障劳动者的合法权益。

然而，在实际操作中，如果用人单位与劳动者经过充分协商，并达成一致意见，那么离职补偿金是可以分次发放的。这种协商一致的情况，通常会在离职协议或相关文件中明确体现，包括分次发放的具体时间、金额等细节。

如果双方没有就离职补偿金的发放方式达成明确约定，而用人单位却擅自分两次或多次发放，那么这种行为可能构成违约。劳动者在这种情况下，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位一次性支付离职补偿金，并可以主张因逾期支付而产生的赔偿。

以您提到的案例为例，小朱从公司离职，但公司与小朱签订的离职协议中未明确约定离职一次性补偿的发放方式。公司却擅自将补偿分两次发放，这显然违反了法律规定和双方可能存在的隐含约定（即一次性支付）。因此，小朱有权采取相应措施来维护自己的权益。

综上所述，离职补偿金是否可以分两次发放，关键在于用人单位与劳动者之间的协商结果。如果双方达成一致意见，并明确体现在相关文件中，那么分次发放是可行的；否则，用人单位应当一次性支付离职补偿金。