交办转办的案子最后都由被告单位处理，这一做法是否合适，需要从多个角度进行考量。
从程序公正的角度： 程序公正要求案件的处理过程应当公开、透明，且遵循法定的程序。如果交办转办的案子直接由被告单位处理，可能会引发对程序公正性的质疑。因为被告单位作为案件的一方，其处理案件时可能难以保持完全的中立和客观，从而影响案件的公正处理。
从实体公正的角度： 实体公正要求案件的处理结果应当符合法律的规定和事实的情况。虽然被告单位可能对案件情况有更深入的了解，但直接由被告单位处理也可能导致处理结果偏向被告单位，从而损害原告或其他相关方的合法权益。
从法律监督的角度： 在法律体系中，存在对案件处理过程的监督机制，以确保案件的公正处理。如果交办转办的案子直接由被告单位处理，可能会削弱这种监督机制的作用，因为被告单位在处理案件时可能缺乏外部的有效监督。
法律建议与可能的法律后果
法律建议： 对于交办转办的案子，建议遵循法定的程序进行处理，确保案件的公正处理。可以考虑由独立的第三方机构或部门进行案件的调查和处理，或者设立专门的监督机制来确保案件处理的公正性。
可能的法律后果： 如果交办转办的案子直接由被告单位处理，且处理结果存在不公正的情况，可能会引发原告或其他相关方的申诉、上诉等法律程序，甚至可能导致被告单位承担相应的法律责任。
综上所述，交办转办的案子最后都由被告单位处理，这一做法在程序公正、实体公正以及法律监督等方面都可能存在问题。因此，建议遵循法定的程序进行处理，确保案件的公正处理。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。