公司破产后的股权转让纠纷应由受理破产申请的人民法院管辖。这一结论主要基于以下法律条款和分析：

一. 法律规定明确破产相关诉讼的管辖法院

根据《中华人民共和国企业破产法》第二十一条规定：“人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。”这意味着，在公司破产程序中，任何与债务人（即破产公司）相关的民事诉讼，包括股权转让纠纷，都必须由受理破产申请的人民法院来管辖。

二. 股权转让纠纷与债务人利益的相关性

股权转让纠纷往往涉及债务人的财产权益和债权债务关系，因此与债务人的利益具有直接或间接的相关性。在破产程序中，这种相关性使得股权转让纠纷的管辖问题变得尤为重要，因为它直接关系到破产程序的公平性和效率。

三. 实务经验总结

在司法实践中，当债务人进入破产程序后，与债务人直接或间接相关的民事诉讼，无论之前是否对管辖作出过约定，通常都由破产法院审理。这是为了保障破产程序的公平与便利，避免不同法院之间对同一案件产生管辖争议，从而影响破产程序的顺利进行。

四. 特殊情况的处理

需要注意的是，虽然一般情况下破产后的股权转让纠纷由破产法院管辖，但在某些特殊情况下，如双方当事人在股权转让合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律规定，那么可能会根据合同约定的管辖法院来处理。然而，在破产程序中，这种约定往往会受到一定的限制和审查。

我建议：在处理公司破产后的股权转让纠纷时，应首先明确该纠纷与债务人利益的相关性，并据此确定管辖法院。同时，也要注意审查股权转让合同中是否存在有效的管辖约定，并考虑该约定在破产程序中的适用性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。