集体土地补偿款进入政府三资办是否合法，需结合具体情况判断：
从资金管理角度看：
- 政府三资办（通常指农村集体“三资”管理办公室，负责农村集体资金、资产、资源的管理）作为管理农村集体资金的机构，其职责之一就是确保集体资金的安全与合规使用。若集体土地补偿款作为集体资金的一部分，按照相关规定和程序进入三资办进行统一管理，从资金管理的角度来看，这一行为本身并不违法，反而有助于资金的规范管理和监督。
从法律程序角度看：
- 集体土地补偿款的分配和使用需严格遵循相关法律法规和程序。若补偿款进入三资办前，已按照法定程序进行了公告、听证、协商等环节，并得到了集体成员的认可或按照法定比例进行了分配，那么这一行为就是合法的。反之，若未经法定程序或违反了相关法律法规，将补偿款直接划入三资办，则可能构成违法行为。
从资金使用角度看：
- 集体土地补偿款进入三资办后，其使用需符合集体利益和法律法规的要求。若三资办能够按照相关规定和程序，将补偿款用于集体发展、基础设施建设、成员福利等合法用途，并接受集体成员的监督，那么这一行为就是合法的。若补偿款被挪用、侵占或用于非法用途，则构成违法行为。
综上所述，集体土地补偿款进入政府三资办是否合法，需结合资金管理、法律程序和资金使用等多个方面进行综合判断。若您对具体案例或相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业、详细的法律解答。