在制定重整计划草案时，保护金融债权需通过明确债权确认程序、确保债权清偿顺序、以及设立债权人委员会等方式进行。以下是对这一问题的详细分析：

一. 明确债权确认程序

1. 债权申报与审查：根据《企业破产法》第四十九条，债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。管理人收到债权申报材料后，应当登记造册，对申报的债权进行审查，并编制债权表。这一程序是确认债权的基础，也是保护金融债权的第一步。
2. 债权确认的异议与解决：若债务人对债权表记载的债权有异议，可以要求管理人予以更正。管理人不予更正的，债务人可以向人民法院提起诉讼，由人民法院裁定。这一机制确保了债权的准确确认，避免了因债权争议而损害金融债权的利益。

二. 确保债权清偿顺序

1. 清偿顺序的法律规定：根据《企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；（三）普通破产债权。金融债权通常属于普通破产债权，确保其清偿顺序是保护金融债权的重要一环。
2. 重整计划中的清偿安排：在制定重整计划草案时，应明确金融债权的清偿顺序和比例，确保金融债权在破产清算或重整过程中的合法权益。

三. 设立债权人委员会

1. 债权人委员会的组成与职责：根据《企业破产法》第六十七条，债权人会议可以决定设立债权人委员会。债权人委员会由债权人会议选任的债权人代表和一名债务人的职工代表或者工会代表组成。债权人委员会行使下列职权：（一）监督债务人财产的管理和处分；（二）监督破产财产分配；（三）提议召开债权人会议；（四）债权人会议委托的其他职权。债权人委员会的设立和运作，为金融债权等普通债权提供了一个参与和监督破产程序的平台。
2. 金融债权的参与与保护：金融债权作为债权人之一，可以通过参与债权人委员会的工作，对重整计划草案的制定和实施进行监督，确保其合法权益得到保护。

我建议在制定重整计划草案时，应充分考虑金融债权的特殊性，通过明确债权确认程序、确保债权清偿顺序、以及设立债权人委员会等方式，切实保护金融债权的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。