针对您提出的“自然灾害造成的农作物损失保险公司怎么赔偿”这一问题，我将从以下几个方面为您详细解答：
一、农作物保险的主要类型与责任范围
农作物保险主要分为生长期农作物保险和收获期农作物保险等类型。生长期农作物保险针对播种到收获前各生长阶段的风险，如小麦苗期遇冻害、抽穗期遇灾害等，依合同赔付。收获期农作物保险则保障收获时因自然灾害或偷盗等所致损失，如水稻收割遇台风倒伏可获赔。
保险责任范围广泛，包括但不限于旱灾、洪涝、台风、冰雹、霜冻、雪灾等自然灾害，以及病虫害、火灾、爆炸、污染等意外事故。这些灾害或事故导致作物茎叶、果实等受损，影响生长与产量时，保险公司将依据合同进行赔偿。
二、保险金额的确定方式
保险金额的确定通常有两种方式：
按照农作物的生产成本确定：生产成本包括种子、化肥、农药、灌溉、农机作业、人工等各项费用支出。例如，种植一亩水稻的生产成本为1000元，那么保险金额可能设定为1000元或略高于此成本。
根据农作物的预期收益确定：即根据农作物的预计产量和市场价格计算出预期收益，以此为基础确定保险金额。比如，预计一亩玉米产量为500公斤，市场价格为2元/公斤，预期收益为1000元，保险金额可参考此预期收益设定，并考虑一定的加成系数。
三、赔偿方式
赔偿方式主要有比例赔偿和定额赔偿两种：
比例赔偿：当发生保险事故造成农作物损失时，保险公司根据损失程度与保险金额的比例进行赔偿。例如，保险金额为1000元，经定损农作物损失程度为50%，则赔偿金额为1000×50%=500元。
定额赔偿：按照保险合同事先约定的固定赔偿金额进行赔偿，不论实际损失大小，只要符合保险责任范围，就按照合同约定的金额赔付。这种方式适用于一些难以准确评估损失程度的情况或特定的保险产品。
四、理赔流程与注意事项
及时报案：灾害发生后，需在规定时间内完成保险报案，并同步启动关键证据固定程序。
拍照取证：在允许通行、保证安全的前提下，及时拍照取证，标注淤泥覆盖面积、作物倒伏规模及畜禽尸体分布等信息，并拍摄受损部位特写。
获取证明文件：收集相关部门出具的《灾害调查报告》以及村委会盖章的《灾害损失证明》等文件。
配合政府工作：无论是否购买保险，均应密切关注并主动配合政府依据灾后救助政策开展的各项工作，如申报灾情、登记损失情况等。
注意合同条款：保险责任认定严格遵循合同条款，农户需仔细阅读合同，了解理赔标准、防灾减损义务等条款。
采取减损措施：在灾害发生后，农户应积极采取减损措施，如抢收未损作物等，以减少损失。
综上所述，自然灾害造成的农作物损失保险公司将依据合同进行赔偿。农户在购买农作物保险时，应仔细了解保险类型、责任范围、保险金额确定方式以及赔偿方式等条款，并在灾害发生后及时报案、取证、配合政府工作，以维护自身权益。