发现“三违”行为（违章指挥、违规作业和违反劳动纪律）在交通运输领域，应采取以下处理措施：

1. 立即制止并纠正：

   • 一旦发现“三违”行为，应立即制止，防止行为继续发生，避免可能的安全事故或违规后果。
   • 对违规者进行教育，使其认识到行为的错误性和潜在危害，并要求其立即纠正。

2. 记录并报告：

   • 对“三违”行为进行详细记录，包括时间、地点、违规者信息、违规行为描述等，以备后续处理或调查。
   • 将记录的情况及时报告给上级管理部门或安全监管机构，确保违规行为得到妥善处理。

3. 依据合同和法律规定处理：

   • 如果“三违”行为发生在合同约定的范围内，应依据合同中的相关条款进行处理，如约定违约金、解除合同等。
   • 如果合同中没有明确约定，或“三违”行为违反了相关法律法规，应依据法律法规进行处理。例如，根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律，对违规者进行处罚，包括罚款、吊销执照等。

4. 加强安全教育和培训：

   • 对全体员工进行安全教育和培训，提高员工的安全意识和法律意识，防止类似“三违”行为再次发生。
   • 定期组织安全演练和应急处理培训，提高员工应对突发事件的能力。

5. 完善安全管理制度：

   • 对现有的安全管理制度进行审查和完善，确保制度能够覆盖所有可能的安全风险点。
   • 加强对安全管理制度的执行和监督，确保制度得到有效落实。

6. 考虑法律后果：

   • 如果“三违”行为导致了严重后果，如交通事故、人员伤亡等，违规者可能面临更严重的法律后果，包括刑事责任。
   • 在这种情况下，应积极配合相关部门的调查和处理工作，确保违规者得到应有的法律制裁。

综上所述，发现“三违”行为应立即制止并纠正，记录并报告给上级管理部门或安全监管机构，依据合同和法律规定进行处理，加强安全教育和培训，完善安全管理制度，并考虑可能的法律后果。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。