婚内财产协议对存款做了公证但不对抗第三方，意味着这份经过公证的协议在夫妻双方之间是具有法律效力的，但它不能用来对抗不知情的第三方。以下是对这一问题的详细解释：

1. 婚内财产协议的法律效力：

   • 婚内财产协议是夫妻双方在婚姻关系存续期间，就各自或共同财产的归属、管理、使用、收益、处分以及债务的清偿、婚姻解除时财产的分割等事项达成的协议。
   • 当这份协议对存款进行了明确约定，并且经过公证后，它在夫妻双方之间是具有法律约束力的。也就是说，如果双方按照协议执行，那么协议中关于存款的约定就是有效的。

2. 不对抗第三方的含义：

   • “不对抗第三方”意味着，尽管婚内财产协议在夫妻双方之间有效，但它不能用来对抗那些不知道这份协议存在，或者没有理由知道这份协议存在的第三方。
   • 例如，如果夫妻中的一方将协议中约定的属于另一方的存款擅自用于偿还自己的个人债务，而债权人（第三方）并不知道这份婚内财产协议的存在，那么债权人仍然有权要求用这笔存款来偿还债务。在这种情况下，婚内财产协议就不能用来对抗债权人。

3. 为什么婚内财产协议不能对抗第三方：

   • 这主要是基于保护交易安全和第三人利益的原则。在商业交易中，第三人通常没有义务去了解每一对夫妻之间的婚内财产协议。如果允许婚内财产协议对抗第三方，那么将会给商业交易带来极大的不确定性和风险。
   • 因此，为了维护交易秩序和保护第三人的合法权益，法律通常规定婚内财产协议不能对抗不知情的第三方。

4. 如何保护自己的财产权益：

   • 如果你希望婚内财产协议能够更好地保护你的财产权益，可以考虑在协议中明确约定财产的归属和管理方式，并尽量让相关第三方（如债权人）知晓这份协议的存在。
   • 此外，你还可以考虑通过其他法律手段（如设立信托、进行财产登记等）来进一步保护自己的财产权益。

总之，婚内财产协议对存款做了公证但不对抗第三方，是法律为了保护交易安全和第三人利益而做出的规定。如果你有关于婚内财产协议或其他婚姻家庭法律问题的疑问，可以直接向我咨询。